神八到神九，除了从无人到有人这一最大的不同之外，在与天宫一号(微博)实施交会对接时，还有以下几大方面的不同。
交会对接进入方向不同
神八两次对接全部采用从后向进入对接，也就是说飞船在后，向前追赶天宫一号，在逐渐接近的过程中，与天宫一号对接，同时，第二次对接采用飞船撤退至140米的地方进行对接的方案。神九将进行前向对接，也就是说，飞船在前，由天宫一号追赶神九进行对接，在第二次对接中，采用飞船自动撤离、撤退至400米的地方进行前向对接的方案。
交会对接方法不同
神八与天宫一号交会对接采用的是在飞船上的交会对接设备的引导下自动交会对接，而神九与天宫一号交会对接在进行自动交会对接的同时，还将采用人工手动控制方法进行，以验证航天员人工手动控制交会对接技术。
实际上，航天员对飞船的手动运动控制功能从神一到神八都具备，但此前中国进行的载人航天飞行中，航天员还没有实际进行操作，这也就是说，只是坐在座舱里，还没有亲自驾驶飞船。神九的航天员将第一次进行手动控制飞船，并进行手控交会对接，充分体会驾驶飞船的感觉。
交会对接环境不同
由于神八是中国第一次进行空间交会对接，为减小空间各种光波对交会对接设备造成的干扰，根据技术上的考虑和设计上的安排，神八交会对接任务设计上采用的是在阳照区开始自动交会对接，待对接完成的时候，已经处在阴影区，而神九载人交会对接则在全阳照区间进行。
由于太空各种光波对交会对接测量设备会造成干扰，在这样的环境下完成交会对接，其难度要远比神八大得多，交会对接设备将接受一次严峻异常的考验。
由自成一体到联成一体
神八与天宫一号交会对接只是完成了两个飞行器的刚性连接，连接两个航天器的舱门并没有打开，因此，在舱内环境上来讲，并没有成为真正意义上的一个整体。
由于神九的航天员要进入天宫一号目标飞行器里，进行工作、生活和组合体载人环境的全面验证，因此，神九的航天员将打开两个航天器的舱门，这时，神九将首次实现与天宫一号的空间连通，成为运行在太空中连在一起的两个大房间，航天员穿过神九舱门，进入天宫一号，进行相关物品转移、工作和生活，这种情况下，天宫一号内的二氧化碳净化装置、微生物控制装置等环境控制和生命保障设备将开机，为航天员创造一个与地面一样的工作和生活环境。
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