台湾官方飞航安全调查委员会在复兴航空基隆河空难之后第三天，公布了黑盒子的纪录内容。起飞后不久，飞机右翼的二号发动机就发出机械故障的警告，但令人不解的是，驾驶员知道之后，却以手动的方式关掉了位于左翼的一号发动机，接下来，系统就在三分钟内五度发出失速警告，终于在两个引擎都失效的情况下坠机。
飞安会执行长王兴中说，这架ATR-72的发动机确实发生故障，但并不是先前认为有更换纪录的一号发动机机，也就是左翼的发动机，而是右翼的二号发动机先出问题，电脑系统立刻自动转为顺桨状态，而一号机则是被机师以手动关闭。由于正副机师都可以操控系统，当时是由谁操控，将是未来调查的重点之一。
纪录显示，班机起飞后约37秒就发出主警告声，当时高度为1200英尺，主警告是针对二号发动机出状况，这时候一号发动机还维持正常运作，并一路最高爬升到1600英尺。警告声发出之后约十二秒，二号机熄火，不可思议的是，十六秒之后一号机也被关闭，因此飞机坠机前，有一分十二秒两具发动机都没有动力。
台湾飞安会公布的资料是摘录座舱语音纪录器和飞航资料纪录器的内容，只能呈现客观事实，无法说明失事原因；至于二号发动机为什么会自动转为顺桨，以及原本正常运作的一号机，机组员为何会收油、断油到最后关闭，将是进一步追查的重点。
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