在转世决定权问题上，达赖喇嘛和官方宣称为"无神论者"的共产党争执不休。
达赖喇嘛担心，中共试图控制活佛转世，在他圆寂后推举新的、亲共的达赖喇嘛，帮助当局控制藏区。这位西藏流亡精神领袖曾在7月接受《纽约时报》采访时讽刺地说："他们（中共）应该确认毛主席和邓小平的转世。然后，他们才有权参与达赖喇嘛的转世问题。"
与此同时，北京在转世决定权问题上非常坚决。中国政协民族和宗教委员会主任朱维群周一（11月30日）在《环球时报》评论中称，"中央政府对活佛转世事务的决定权不仅不能削弱，而且要进一步加强，以确保反分裂斗争的胜利"。
中国当局称，1959年流亡印度的达赖喇嘛是暴力分裂分子。这位1989年诺贝尔和平奖得主则否认信奉暴力，称只希望西藏实现真正的自治。
藏传佛教的"转世灵童"
"转世灵童"是藏传佛教特有的传承方式，在一名活佛圆寂后，寻找推举一名幼童为转世继承人。藏传佛教认为，灵童是前世活佛精神的延续，继承了前世的灵性。
中国当局表示，这一传统应该得到延续，而下一任达赖喇嘛的人选必须得到政府的批准。
达赖喇嘛则称，不排除结束达赖喇嘛转世制度， 在其圆寂后不再寻找继任者 。该说法遭到了中国官员的抨击，称"达赖无权终结转世制度"。
在其评论文章中，朱维群说，该问题"从来就不是单纯宗教事务，更不是达赖个人权利，它首先是西藏地方的重大政治事务，是中国中央政府对西藏主权的重要体现"。
他还称："达赖首先是中国西藏地方的政治首领，谁掌握了达赖名号，谁就掌握了西藏地方的政权。正因如此，历代中央政府从来没有也不可能放弃对达赖转世事务的决定权，这不仅是必要的，而且是合乎法理的，与执政者信不信教无关。"
第十一世班禅争议
达赖喇嘛曾表示，其最大的担忧是中国当局出于政治需要指定其继任人选。
1995年在十世班禅圆寂后，达赖喇嘛选定了一名藏族男孩作为班禅喇嘛继承人。然而北京组织了自己的灵童寻访小组，选出了另外的班禅继承人。 西藏流亡政府表示，此前被达赖喇嘛认定的转世灵童一直被中国政府软禁 。
达赖喇嘛对于北京选出的十一世班禅不予承认，而路透社报道称，很多藏人也持相同观点。
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