根据境外网站报道，李波被失踪事件已经惊动中共高层，因为有关部门对环球时报越俎代庖而且是越帮越忙大感不满。根据媒体报道，环球时报连续多日发表社评及署名评论为中央辩解，但行文破绽百出，自相矛盾，还间接承认中央有法不依，指“强力部门有办法规避法律，让一个被调查者配合调查、开展工作”，从而惹来有关部门的抨击。
报道引述接近中央政府的消息人士透露，铜锣湾书店李波失踪事件被香港媒体揭发引来世界舆论关注后，环球时报连续多天发表社评，“反驳”香港媒体质疑内地执法部门的言论，为事件“拆签解画”。
消息指，环时的作法属“主动护主”的行为，备受海外质疑是绑架李波的“强力部门”，特别是中央政府，却没有授权环球时报作此动作。
消息人士对媒体指，由于环时未获授权，亦未与有关执法部门沟通，而是“想当然”地为内地解辩，导致行文破绽百出，甚至自相矛盾，不但无助缓和外界对内地中央政府的歧见，反而起到激化矛盾的作用。
环时1月6日发表《香港书商配合调查真是被炒作歪了》的社评，公然称铜锣湾书店是面向内地读者出版销售政治书籍，内地对它展开调查，“合乎中国法律”；这一说法变相给中央政府“栽赃”，等于坐实了外界对内地执法部门违反一国两制原则、跨境执法的质疑。
媒体指出，更为过份的是，该社论又称，“全世界的强力部门通常都有规避法律让一个被调查者进行配合的办法，既达到开展工作的目的，又不跨越制度的底线”。这完全是此地无银三百两的说法，等于对外宣告：中国的执法机构可以有办法规避法律，追缉所有被调查者，无论你在香港、东南亚，还是在任何国家；中国的执法机构，俨然成了与黑社会无异的无赖。
消息人士透露，环时的这一论调引起内地执法部门强烈不满，认为环时社评不但让他们“背黑锅”，坐实外界所指的绑架行为，更让政法系统背上一个“肆意践踏一国两制”的罪名，一旦中央追究起来，政法系必将难以承担。
“执法部门自有他们自已解围的办法，环球时报这么做，是帮倒忙、乱栽赃。”有关人士对媒体说。
据了解，政法部门已就此事向中央政府投诉。而接近中央政府的消息人士对媒体强调，环时社评并不代表中央立场，不明白其逻辑及立论基础。强调基本法对中央及特区的权限有明确规定，并无任何部门可以“规避法律”。
接近中央政府的消息人士对媒体指出，国家主席习近平上月底在特首述职时强调一国两制不动摇、不走样、不变形；基本法对中央及特区的权责有明确规定，香港与内地属于两个不同的司法管辖区，内地部门必须遵守，没有部门可以“规避法律”。
据媒体了解，对香港铜锣湾书店的处理，确为内地某执法部门所为，也确如环球时报社论所言，是整治香港出版界针对内地读者肆无忌惮出版、销售政治出版物的动作之一。但是，“政法部门的做事原则和处事方法，并不需要诸如环球时报这样的愚蠢、低能的解签方法帮倒忙、火上浇油”。
消息还透露，由于北京高层的介入，事件将很快会解决，李波将会以其合适的方式，回到其原有的生活中。
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