1994年2月春节前夕，邓小平又来到了上海。这是邓小平自1988年以来第7次在上海过春节。 中国领导人在哪里过春节有着重要的政治涵义，虽然邓小平已经退居二线，但他的影响力从未退出中国政坛。
邓小平的长女邓林回忆说，1994年的时候，邓小平的身体已经很不好了，行走都很困难，但还是在上海参加春节团拜会，还在说，“我们一定要紧密团结在以江泽民同志为核心的党中央周围。”他亲自说出这句话，就是要帮助江泽民立住脚。
在平稳完成权力交接后，邓小平从公众眼中消失了。1994年10月1日，邓小平在观看国庆焰火时留下了生前公开发表的最后一张照片，并从此再也没有特意公开露面。 1996年12月12日，邓小平因呼吸道疾病住进中国人民解放军总医院南楼病房，此前邓小平被多次误报已经逝世。他的心脏健康，肝脾也好，没有老年人常见的糖尿病或者前列腺炎，致命的问题发生在神经系统，这在医学上叫做“帕金森综合征”，是一种没有办法根治的疾病。在邓小平住进医院时，还没有人意识到“他这一走就再也没有回来。”邓小平夫人卓琳后来这样说。
不过中共高层必须要考虑最糟的情形出现，凌志军在《变化》一书中写道：中南海里一些最重要的领导人，在1月份还到外地去巡视了——李鹏去了辽宁，李瑞环去了海南，乔石去了江苏和上海，朱镕基去了重庆，胡锦涛也按照计划出访南美三国。多少年来，中国人判断政治气候冷暖的一个依据，就是党的领导人是否在公开场合露面，现在看到这些人的行踪，他们就觉得天下太平，却完全没有注意到党的最重要的领导人江泽民始终坐镇京城。
住院中的邓小平病情略有平稳，中国中央电视台第一套节目于1997年1月1日起播出纪录片《邓小平》，他在病房收看了全部12集。
从那以后，邓小平的病情越来越重，从早到晚陷在疾病的折磨中。邓小平的保健人员黄琳说，她曾见过这样的病，那是很折磨人的，有些人会呻吟，有些人会叫喊，可是“他是个非常坚强的人”。黄琳说，“我能体会他临终前还是比较痛苦的，但一声不吭。就是这样，而且我觉得他很平静。”他有时候昏昏沉沉地睡着，有时候异常清醒，还是不说话--他已经不再评价别人，也不再在意别人对他的评价。黄琳觉得他一定明白自己已经病入膏肓，问他还有什么话想说。他在1992年说了那么多话，现在总该再给中国人留点什么吧？黄琳这样想。可是那几个星期他没有再谈那些话题，他淡淡地回答：“该说的都说过了。”
进入2月，人们敏感地注意到，那些已经出京的领导人，全都缩短行程，匆匆赶回京城，甚至都不像往年那样和四方百姓共度春节。不过政治局常委们接到通报说小平病情稳定，不会有什么大事。 2月6日是除夕夜，邓小平没有回家过年，他的病情虽较重但较为平稳，可以在医院会见前来看望的江泽民等人。
当时的新闻报道说，在谈话中，邓小平请江泽民等转达他对全国各族人民的节日祝贺，并希望在以江泽民同志为核心的党中央领导下，把当年恢复对香港行使主权和召开党的十五大两件大事办好。 新闻不会说出当时邓小平的病有多重，凌志军在书中如此说道：次日（即2月7日），邓小平的亲人坐在沙发上，意识到大势已去，全都呆若木鸡。整座楼一片寂静，就像是死神已经降临。
2月15日，邓小平夫人卓琳及子女致信江泽民，向其转告邓小平的临终嘱托：不搞遗体告别仪式，不设灵堂，解剖遗体，留下眼角膜，供医学研究，把骨灰撒入大海。2月19日，邓小平的呼吸功能已经衰竭，只能借助机器呼吸。当晚21点08分，医疗组宣布停止抢救，邓小平以93岁高龄逝世。
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