为了如期实现到2020年长江流域重点水域实现常年禁捕的政策目标，农业农村部等三部门联合发文要求加快建立长江流域重点水域禁捕补偿制度。
2019年1月11日，据农业农村部官网发布消息，农业农村部、财政部、人力资源社会保障部等三部门日前联合印发通知，公布《长江流域重点水域禁捕和建立补偿制度实施方案》（简称《方案》）。
《方案》提出，根据长江流域水生生物保护区、长江干流和重要支流除保护区以外的水域、大型通江湖泊除保护区以外的水域、其他相关水域四种情况，分类分阶段推进禁捕工作。
长江水生生物保护区于2019年底以前，完成水生生物保护区渔民退捕，率先实行全面禁捕，今后水生生物保护区全面禁止生产性捕捞；长江干流和重要支流于2020年底以前，完成长江干流和重要支流除保护区以外水域的渔民退捕，暂定实行10年禁捕，禁捕期结束后，在科学评估水生生物资源和水域生态环境状况以及经济社会发展需要的基础上，另行制定水生生物资源保护管理政策。
此外，《方案》大型通江湖泊（主要指鄱阳湖、洞庭湖等）除保护区以外的水域由有关省级人民政府确定禁捕管理办法，可因地制宜一湖一策差别管理，确定的禁捕区2020年底以前实行禁捕。其他水域。长江流域其他水域的禁渔期和禁渔区制度，由有关地方政府制定并组织实施。
根据《方案》，禁捕期间，特定资源的利用和科研调查、苗种繁育等需要捕捞的，实行专项管理，具体办法由省级或国家渔业行政主管部门制定并组织实施。同时，要坚持地方为主，中央财政将通过奖补的方式对地方工作予以适当支持。
其中，退捕渔民临时生活补助、社会保障、职业技能培训等相关工作所需资金，主要由各地结合现有政策资金渠道解决。同时，中央财政采取一次性补助与过渡期补助相结合的方式对禁捕工作给予适当支持。
据《方案》要求，农业农村部、财政部、人力资源社会保障部将制定专项绩效考核办法，会同有关部门对各省市渔民退捕、转产保障和禁捕管理等政策执行和任务落实情况进行绩效评价，建立激励约束机制。各省市人民政府要把长江禁捕作为落实“共抓大保护，不搞大开发”的约束性任务，纳入地方政府绩效考核和河长制等目标任务考核体系，对工作推进不力、责任落实不到位的地区、单位和个人依法依规问责追责。
《方案》表示，长江是世界上水生生物多样性最为丰富的河流之一，也是中国重要的生态安全屏障。但近年来，受拦河筑坝、水域污染、过度捕捞、航道整治、挖砂采石、滩涂围垦等影响，长江生态日趋恶化，白鱀豚、白鲟、长江鲥鱼等物种已多年未见，中华鲟、长江鲟、长江江豚等极度濒危。长江渔业资源近年来的年均捕捞产量不足10万吨，仅占中国水产品总产量的0.15%。
此前，根据2017年中央一号文件“率先在长江流域水生生物保护区实现全面禁捕”、2018年中央一号文件“建立长江流域重点水域禁捕补偿制度”等要求，经国务院同意，《国务院办公厅关于加强长江水生生物保护工作的意见》（简称《意见》）已正式印发，对各项保护政策措施提出了明确的工作任务和目标要求。
《意见》明确提出，推进重点水域禁捕，科学划定禁捕、限捕区域，加快建立长江流域重点水域禁捕补偿制度，引导长江流域捕捞渔民加快退捕转产，率先在水生生物保护区实现全面禁捕，健全河流湖泊休养生息制度，在长江干流和重要支流等重点水域逐步实行合理期限内禁捕的禁渔期制度，到2020年长江流域重点水域实现常年禁捕，到2035年长江流域生态环境明显改善。
2018年12月29日，农业农村部发布通告称，自2019年2月1日起，停止发放刀鲚（长江刀鱼）、凤鲚（凤尾鱼）、中华绒螯蟹（河蟹）专项捕捞许可证，禁止上述三种天然资源的生产性捕捞。
其中，近些年，长江刀鱼的产量遭遇断崖式下滑。一组流传甚广的数据来自于中国水产科学研究院淡水渔业研究中心，印证了江刀产量急剧下跌的趋势：1973年长江沿线刀鱼产量为3750吨，1983年为370吨左右，2002年已不足百吨，2011年12吨左右。
事实上，长江的生态危机早已引起中国政府重视。自2002年起，农业部开始在长江中下游试行为期3个月的春季禁渔。2003年起，长江禁渔期制度全面实施，共涉及长江流域10个省（区、市），8100多公里江段。规定称除实行捕捞限额专项管理的凤鲚、刀鲚外，禁止所有捕捞作业。2015年12月23日，农业部发布通告调整长江流域禁渔期制度，扩大了禁渔范围，同时延长禁渔时间至4个月。
不过，据界面新闻此前报道，尽管多年来已实施了禁渔期制度、划定保护区、濒危物种拯救行动等一系列措施，形势却并未好转。农业农村部副部长于康震在2018年10月国务院政策例行吹风会上表示，目前长江捕捞业已进入渔民越捕越穷，生态越捕越糟的“死胡同”，“常年禁渔期制度将包含整个长江流域，包括长江的干流、长江的支流，还有通江的湖泊等区域。”
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