当年美军虽然占领日本，做出惩戒日本军国主义之阵势，然而为了将日本筑成“共产主义的防波堤”，美国并不希望在靖国神社问题上得罪日本。
几十年后，一份解密文件揭开了谜底。文件指出了没有废止靖国神社的理由——美国人担心这不利于美国对日本的占领。
部分美军将领主张烧毁靖国神社
1941年12月7日，日本联合舰队偷袭珍珠港，悍然挑起了太平洋战争。在一次次战斗中，美国人亲自“领教”了日军拼死顽抗的“战斗精神”，他们不太明白日军为何在战场上不惧死亡。于是，美国开始研究日本军国主义的根源。1945年，美国陆军部下令拍摄了一部名为《认识你的敌人日本》的纪录片。片中解说道：“天皇对于日本人来说是最神圣的神，他一人独掌政治、宗教大权。日本人认为战死之后灵魂被供奉于靖国神社是最高的荣誉，因为连天皇也会去俯首参拜。所以对日本人来说，与其投降不如选择战死。”可以说，战前的靖国神社实际上完全是日本军国主义用以愚弄和笼络国民，煽动他们效忠天皇并甘心充当炮灰的御用工具。
美国国立公文馆保存着一份1944年的美国国务院战后计划委员会的机密档案。档案中写道：“靖国神社等神社并非我们所认为的宗教场所，它们供奉军国主义分子，培育了充满攻击性的国家主义精神，这样的神社违反了信教自由，应当关闭……”
1945年8月15日，日本宣布无条件投降。30日下午两点，美军将领麦克阿瑟乘坐的“巴丹”号专机抵达东京郊外的厚木机场。在鼓乐声中，麦克阿瑟志得意满，叼着烟斗走下舷梯，他将作为盟军最高司令官、7500万日本人的绝对主宰者开始统治日本。此时的麦克阿瑟对日本军国主义恨之入骨，他一到任就下令解除日军武装，逮捕战犯。随后，美国公布了“战后初期对日政策”，表明美军将在日本实施宗教信仰自由，并禁止日本人打着宗教的旗号搞极端国家主义和军国主义组织及运动，矛头直指靖国神社。
紧接着，美国国务院也公开宣布废止日本国家神道，全面压制军国主义、极端国家主义的统治方针。美国政府、宗教界等就靖国神社的处置问题提出了各种方案，有的认为应该将靖国神社变成“国营纪念馆”，有的主张改为“无宗教色彩的追悼场所”，等等。然而在驻日美军军官们眼中，这实在是太便宜日本人了。一些美军将领，尤其是盟军总司令部（以下简称盟总）对敌谍报部的军官们，强烈建议麦克阿瑟放一把大火烧毁靖国神社，从精神上彻底解除日本的武装。这个建议打动了麦克阿瑟，很快，100名美国大兵开进了靖国神社。
把靖国神社伪装成娱乐一条街
美军的行动让日本军国主义分子陷入了极度恐慌，就在这时，他们接到了前首相东条英机的密令，称“靖国神社要永久存续，天皇亦理应参拜”。随后，日本军国主义分子展开了积极活动，企图维护靖国神社。靖国神社权宫司（负责人）横井考虑到，因为人们都认为靖国神社是战争的中心，原封不动保留是不可能的。于是，横井想出一个花招，他决定利用盟总尊重信教自由的政策，以纯宗教的姿态维护靖国神社。1945年11月26日，横井亲自拜访盟总宗教科科长巴斯，提出了靖国神社由国家神社变为宗教庙宇的方案，至于名字则无所谓，改称庙也好，宫也罢，或者干脆改称靖国庙宫。为诱使盟总接受该方案，横井甚至提出，可以考虑将靖国神社一带变成以学生为主要服务对象的娱乐一条街，设立剧场、音乐厅、美术馆等。此外，日本军国主义分子还煽动由战争遗孤组成的遗族会向盟总递交请愿书，希望盟总保留靖国神社。横井的障眼法最终骗过了巴斯，巴斯对横井的方案大加赞赏，并将方案提交给了麦克阿瑟。
就在横井等人积极游说盟总的同时，日本陆海军省也在紧锣密鼓地策划靖国神社临时大祭，为死掉的日本侵略军招魂。尽管此事遭到一些美军军官的强烈反对，但由于当时围绕靖国神社的处理问题，盟总内部发生了意见分歧，最后大家统一了意见，决定允许日本人举行大祭，并视大祭的情况来决定如何处置靖国神社。
1945年11月20日，在盟总的监视下，靖国神社举行了大祭，这是日本战败后的第一次，也是最后一次由国家主持的大祭。以裕仁天皇和币原首相为首的政府各级官员以及日军代表参加了大祭，参拜者人数达到3万人。为了给盟总留下良好的印象，军人们穿着西服入列参拜。
日本军国主义分子的伪装终于有了收获，1945年12月15日，盟总发布了麦克阿瑟第448号指令，即所谓的“神道指令”，宣布废止国家神道，实行政教分离。但这道命令同意靖国神社脱离国家管理成为宗教法人，并与其他宗教团体享受同等待遇，靖国神社终于逃过了灭顶之灾。
美国为冷战考虑保留靖国神社
1946年4月，靖国神社接到盟总的新通告，禁止天皇参拜靖国神社。接着，在中国、苏联等国的强烈要求下，美军用水泥将靖国神社内纪念日军侵略战争的13米高的大石灯笼抹平。11月，盟总又发布了关于靖国神社的新指令，指出靖国神社是军国主义神社，不承认将国有土地转让给神社，靖国神社存在的合法性再次遭到了质疑。1951年9月，盟总批准了土地转让事宜，靖国神社最终得以苟延残喘。此时的靖国神社虽已降为一般性的宗教团体，但神社中供奉的战争亡灵的灵位并没有被撤除。
随着1952年美军占领时代的结束，各种祭拜靖国神社的活动相继死灰复燃，靖国神社摇身一变成为少数右翼势力为军国主义招魂、为侵略战争翻案的政治舞台。
至于当年美军为何没有烧毁靖国神社，据说是麦克阿瑟征询了罗马天主教教廷驻日代表比特神父的意见后，中止了烧毁靖国神社的计划。然而比特神父仅靠一人之力就能保住靖国神社吗？真正的答案显然不是这样。
几十年后，一份盟总的解密文件揭开了谜底。这份名为《关于靖国神社的将来的见解》的文件赫然写道：“应该保留靖国神社，废止恐怕反而会增加事端。”文件指出了没有废止靖国神社的理由——美国人担心此举不利于美国对日本的占领。正如巴斯后来在接受日本NHK电视台采访时回忆说：“继续制裁日本，不是我们的愿望，那时的日本，正按照我们的期望行动。”当时，随着冷战的激化，美国大幅度改变了占领政策，不但停止清算日本的战争罪行，而且打算将日本建造成“共产主义的防波堤”。在这种情况下，美国自然不希望在靖国神社问题上得罪日本。因此，对当前日本的靖国神社问题，美国当负有一定的责任。
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