布托死因仍是个谜。
据巴基斯坦《每日时报》报道，巴基斯坦前总理贝．布托遇害当天，巴基斯坦一名负责安全警戒的警察局副局长在现场目击了整个事件的经过。但他日前接到了官方下达的禁口令，要求他不得就贝．布托遇刺事件接受任何媒体的采访。
贝．布托在拉瓦尔品第遇刺当天，拉瓦尔品第警察局副局长伊斯蒂亚．侯赛因．沙赫当时正在贝．布托的身边组织安全警戒。爆炸袭击发生后，伊斯蒂亚．侯赛因．沙赫也多处受伤，并被紧急送往医院接受治疗。伊斯蒂亚．侯赛因．沙赫当时在接受媒体采访时称，贝．布托在听到支持者的欢呼口号后，从汽车中探出头来，这时在10英尺外站在一名身穿夹克并戴着太阳镜的男子。这名男子突然举枪对准贝．布托射击，贝．布托颈部中弹流血，就在随从们对此进行紧急处理时，炸弹又突然发生了爆炸，这时又有更多的人受伤倒地。伊斯蒂亚．侯赛因．沙赫还肯定地对记者们表示，他可以确信贝．布托是死于枪击，而不是头部撞击护拦或者其它的什么原因。
伊斯蒂亚．侯赛因．沙赫当时在拉瓦尔品第的一家中型医院接受治疗，而且当时巴基斯坦官方对他并未引起足够的重视。后来由于他是现场的直接目击者，而且又是当天负责安全警戒的警察局副局长，他与巴政府的官方解释出现矛盾就变得让难以接受了。伊斯蒂亚．侯赛因．沙赫接受记者采访的第二天，他就被转移到拉瓦尔品第的军方医院接受治疗，并由巴基斯坦三军情报局派遣了特工负责24小时看护，任何记者与无关人员均不得接近伊斯蒂亚．侯赛因．沙赫的病房。知情人士私下对记者表示，伊斯蒂亚．侯赛因．沙赫目前也接到了官方下达的禁口令，不得未经许可就透露贝．布托遇刺当天的任何情况，更不得接受媒体记者的采访。
贝．布托遭到暗杀后不久，巴基斯坦内政部发言人伊巴尔．奇马宣称贝．布托是在躲避袭击时头部撞击汽车天窗而死亡的，她的体内并没有发现子弹或者炸弹碎片。奇马当时还在发布会上播放了一小段袭击发生前的录像，但是画面并不清晰。图像显示，敞篷车停在路上并没有行驶，贝．布托站起身来向支持者挥手，她一边微笑一边与人群交谈，这时传来三声枪响，录像机好像是掉到了地上，画面随即停止。他也否认了是随后的爆炸造成贝．布托死亡。哈米德．纳瓦兹．汗说，“我们对出现的失误真诚地表示道歉，同时希望巴基斯坦民众能够宽恕和原谅内政部的这一失误。”
贝．布托的律师、人民党成员法鲁克．奈克在接受记者采访时表示，“两颗子弹都打中了她，一颗在腹部，一颗在头部。贝．布托的私人警卫和政党官员法希姆当时也坐在车里，他们目睹了事件的全过程。这是一个无法挽回的损失。” 法鲁克．奈克还公布了巴基斯坦拉瓦尔品第医院出示的贝．布托死因医学报告。这份长达3页的医学报告显示，2007 年12月27日下午5时35分左右，拉瓦尔品第总医院急救室收治了一名女性病人──贝．布托。报告对病人收治时的状况进行了如下描述：没有脉搏，没有呼吸，脸色苍白，瞳孔放大且对光线无反应，右颞顶区有伤痕，病人衣服浸满鲜血。
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