作为台湾泛蓝阵营在2008年总统选战中最大希望的马英九，一直被执政民进党视为捍卫本土政权的最大障碍，人们亦因此而一直在谈论，民进党为捍卫自己的既得利益无所不用其极。2004年总统选战的最后一日，两颗莫名其妙的子弹令到陈水扁、吕秀莲败部复活。岛内泛绿势力、尤其是台独基本教义派，亦有可能用两颗莫名其妙的子弹结束马英九的政治生命。
如今，人们终於见到了射向马英九的这两颗子弹：其一，是陈水扁及其妻吴淑珍因国务机要费而遭起诉，其二，是马英九因其在台北市长任内涉及的市长特别费案而被起诉贪污罪。
明报报道，侦办陈水扁国务机要费案的陈瑞仁检察官和侦办马英九特别费案的侯宽仁检察官，都具有深绿色彩；而对泛绿阵营支持者而言，最重要的使命就是要在2008年总统选战中捍卫民进党政权，让台湾能够有足够时间完成独立进程。故对於陈瑞仁、侯宽仁这样的绿营检察官而言，捍卫本土政权的最有效工具，就是他们手中的司法权力。
陈瑞仁下决心起诉陈水扁和吴淑珍，曾经得到外界广泛赞扬，认为他是台湾司法清廉的一面旗子。但是，从侯宽仁置台湾法务部有关首长特别费的种种解释於不顾，下决心将马英九送上法庭，而陈瑞仁在起诉后为侯宽仁的行动发表的种种辩护言论看，陈水扁因国务机要费案和马英九因市长特别费案被起诉，中间的关联非常密切，完全有可能是这些深绿色彩的检察官为了阻止马英九参选总统而设计的两颗神秘子弹。当然，戏要演得逼真，前提条件之一是陈水扁必须不知情，一如「三一九」枪击案。
或者说，两项起诉都是深绿势力的老谋深算，因为他们深知，陈水扁无论怎麽样都不可能丢掉总统宝座，虽然扁妻在法庭受审，可能令到陈水扁名誉有损，但只有将马英九拉下马，保住绿营执政才有希望。同时，他们亦算准了马英九对个人荣辱的重视和对制度近於固执的坚持，只要被起诉，马英九必定会辞去国民党主席一职。
虽然马英九在宣布辞去党主席的同时亦宣布参加明年总统选战，或许稍稍令绿营人士感到意外，但是，没有国民党主席的职务，马英九究竟靠什麽来保持自己的泛蓝共主地位呢？
马英九被起诉后，多项民调都显示其民望不跌反升，但这并不能从根本上改变他所面临的政治危机。虽然国民党目前亦将马英九被起诉定性为政治迫害，并视为党难。但在如何与马英九共赴党难方面，国民党却似乎拿不出什麽招数，还要请出荣誉主席连战来做协调人。这样玩下去，马英九的政治生命恐怕很快就会结束。
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