黄菊的仕途始于80年代陈国栋任上海市委书记时期。1983年任上海市第一机电局副局长才一年多的黄菊，获破格提拔为市委常委，两年后更升任市委副书记。陈国栋对于黄菊犹如伯乐于千里马。
被曾庆红扒头超越
据明报报道，1986年，黄菊在仕途上遇到了一些阻碍。新任市委书记芮杏文更欣赏与黄菊同期获提拔的吴邦国，这时，时任市长的江泽民将黄菊纳入了市政府团队，让他兼任副市长；从此时开始，江泽民对黄菊也有了知遇之恩。
由于黄菊和江泽民的关系，他与跟随江泽民的曾庆红亦维持友好，但二人并无深交。曾庆红离开上海时，与黄菊一样，都是市委副书记，但黄菊出道时间较曾庆红早，后来反被曾扒头超越。
抗拒朱镕基系人马
1991年，上海市长朱镕基调往北京，其职由黄菊接任，吴邦国则出任市委书记，两人关系并不融洽。吴邦国是1994年离开上海到北京任副总理的，当时周正毅还未“崛起”为上海首富，所以后来周正毅虚报注册资本等连串案件揭露后，吴的态度比较超脱；有报道说，吴邦国曾和朱镕基交换意见，两人都认为该查周正毅。
黄菊主政上海期间，与属朱镕基系的市长徐匡迪关系不融洽。不过，徐的继任人陈良宇据说也并不是黄菊属意之人，有消息说，现任市长韩正才是黄菊看好的接班人。只是由于黄菊对上海政坛涉入太深，陈良宇案牵涉不少人都与黄菊有千丝万缕的关系。
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