2000年总统大选时，时任中研院院长的李远哲表明支持民进党的陈水扁后，被认为是让陈水扁成为总统的「临门一脚」。李远哲对这次的总统大选一直三缄其口，却又突然接受日本产经新闻的专访，表明他还是期待谢长廷能够当选总统，继续民进党的执政。
已经卸任中研院院长职务的李远哲说，如果国民党继本月中旬的立委选举，在总统大选时又获得胜利的话，那台湾政治就会陷入不平衡的「危险状态」，他期待谢长廷能够发挥他的调整力。
李远哲首先回顾过去八年民进党政权的执政，他肯定陈水扁对民进党政权的成立扮演了重要的角色，但是又批评他「有缺点、不是理想的总统」。他举例说，陈水扁所提的以台湾名义加入联合国，「说的是无理的话，只是为了讨得独派的欢心，大家都看穿这点，陈水扁自己却无法理解此事」。
他分析说，民意的乖离，是这次立法委员选举民进党遭遇到重大挫败的主要原因。对于今后的总统选情，李远哲认为，一直位于陈水扁掌握主导权背后的谢长廷，「在未来两个月内，要做什么样的发言，以及要保持与陈水扁什么样的关系」，选民要看民进党如何建立以谢长廷为核心的选举态势，这是众所注目的焦点。
李远哲指出，陈水扁走过来的道路，出现了许多他个人周边的金钱丑闻等，谢长廷应该要与他分道扬镳走不同的道路。
提到马英九时，他说，大多数的人们都认为，马英九的能力比不上谢长廷。马虽然给人好印象，但是看他台北市长时代就知道他不是有解决问题能力的人。
李远哲提到关键的2000年大选时说，2000年的大选民进党胜利时，他认为台湾已经民主化了，虽并不是非常顺利，却是由人民自己投票选了自己的总统与国会议员。民主的社会不是效率高的社会，但是要找到比这种更好的方法实在很难。
他认为，当时选出了陈水扁总统却看到他荒废了政权，这是不对的，所以这些年他把心力放在教育与科学的研究上，对于当年的这个选择，他并不后悔。
另据悉，谢长廷竞选总部发言人郑文灿指出，谢长廷在两、三个月前拜访李远哲后，两人虽未再联系，但对李远哲的发言表示感谢之意。郑文灿表示，李远哲向来支持进步、改革、向上提升，在台湾民主关键时刻，确实要凝聚更多的力量，以支持民主往前迈进。
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