在台湾，赖幸媛人事案引发的风暴有越来越猛之势。海基会董事长江丙坤嫡系立委李嘉进30日建议，马英九应撤换赖幸媛担任陆委会主委；国民党立委邱毅则认为，若7月周末包机直航无法达成，将要求赖幸媛下台，马英九要道歉。
立委李嘉进表示，现在不少台商向他表达，要抵制参加马英九520总统就职典礼，马英九对于台商的反应和陈情，应该审慎思考，并即时撤换赖幸媛，因为现在把她换下来，比起以后酿成灾祸再被轰下来，要好得多，希望马英九审慎思考。
邱毅预测，将来海基会和陆委会一定会发生海陆大战，就像民谣《天黑黑》的歌词，阿公要煮咸，阿妈要煮淡，两人基调不同，一定产生问题。
针对外界对马英九延揽赖幸媛，有联合李登辉制国民党荣誉主席连战、党主席吴伯雄的说法。对此台北县长周锡玮说，马英九已经是台湾的准总统，有权力处理两岸等事务，不需要制谁联谁。由于李登辉同意两岸问题，应该政府对政府来谈，所以可以这样讲，马英九、李登辉、连战是一体，没有拉谁打谁问题。
中评社表示，赖幸媛接掌陆委会的消息宣布之后，国民党中央的总机电话快要被抗议电话打到爆掉，总机小姐说，从28日开始，数以千计的抗议电话涌进党中央，到30日状况还是一样，其中还有蓝军支持者远从美国、日本、加拿大打来的。
总机小姐私下埋怨说，党中央到现在对赖幸媛没个说法，所有不满的声音都要由第一线人员承受，每天数以千计的电话涌进来，能够帮忙接听的党工和义工都在忙线当中。
由于马萧办公室目前设在国民党中央所在的八德大楼，但马萧办公室并没有公开的接待窗口，也没有对外的总机电话，因此所有不满赖幸媛的抗议电话，都打进国民党中央了。
国民党总机小姐表示，赖幸媛又不是国民党任命的，要他们向抗议民众解释，实在不知道从何说起，又没办法把这些电话转到马英九办公室，对于态度激动或出言不逊的蓝营支持者，总机小姐也只能好言相劝，一脸无奈。
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