这次两岸复谈在台湾内部引发最大的风波，就是两会互设办事处，处理签证事宜的话题，权威人士透露，这项议题根本不在海基会的剧本当中，而根据海基会的回报，江丙坤也根本没有对此有过发言。
消息来源透露，陈云林在陈江会谈中，主动提出“中旅社在台设机构办理旅行文件”，江丙坤事后对媒体表示，他希望将来“用两会名义互设办事处比较好”，但实际上，江丙坤是把责任往自己身上揽。
据指出，陈云林在抛出中旅社来台设点的话题后，由于这并不在“陆委会”授权谈判的范围之内，江丙坤当场并未答腔，而是由其他的海基会人员接口，称最好用两会的名义互设办事处比较好，至于后来向媒体转述两会达成共识的海基会副秘书长庞建国，当时根本没在谈判桌上。
消息传回台北之后，“陆委会”立即否认两会曾有过互设办事处的共识，海基会前线人员也察觉事态不妙，因此当晚才由江丙坤召开记者会，并把责任往自己身上揽，希望能够化解风波。
一位熟知内情的官员表示，这次“陆委会”为海基会准备了很多题目，其中就是没有两会互设办事处这道题目，在谈判的时候，如果海协会有提到台方准备的题目，海基会便会顺水推舟，如果是没有被授权的题目，海基会人员就会闪躲。例如陈云林提及中旅社来台设点的议题，江丙坤便不答腔，而由其他人接话，两边其实都在各说各话，点到为止，因此根本没有所谓的共识。
至于两会签订的“海峡两岸关于大陆居民赴台湾旅游协议”，其中虽然载明“双方同意互设旅游办事机构，负责处理旅游相关事宜，为旅游者提供快捷、便利、有效的服务”，不过“陆委会副主委”刘德勋强调，如果是纯粹的旅行社或航空公司的业务行为，那么是可以来台设办事处的，但若涉及官方的行为，例如办理签证事宜，那就不在协议范围之内了，换句话说，大陆旅游业者在台湾驻点，只能因应商业上的需要，不能涉及政治意涵的事务。
因此就算中旅社来台设立办事处，也不能处理签证事宜，因为“陆委会”认为核发签证涉及“准领事”的功能，还要经过两会协商。
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