台湾海钓船「联合号」在钓鱼台海域遭日舰撞沉事件，在日方诚意道歉后落幕，但却爆发严重的案外案。新政府发现过去八年「总统府」对日交涉相关档案完全找不到。相关人士透露，民进党政府在移交政权时拿走所有相关的档案，也没有把相关文件列入移交名单当中。
有高层人士透露，这次钓鱼台纷争发生之初，「国安会」要调出过去八年民进党政府与日方交涉与谈判的文卷档案，却一件都找不到，民进党离开政府时拿走所有相关的档案，没有列入移交，民进党人士怎么还好意思批评新政府的危机处理。
过去八年资料全数失踪
据了解，民进党执政八年积极发展台日关系，后来在「外交部」成立黑机关日本事务会，直接受命「国安会」处理日本事务，日本事务会虽在「外交部」，部长极少能了解其业务。这次钓鱼台纷争中，勉强只有地域司层级的日本事务会，却可直接联系海巡署调派船舰，没有向部长请示，让新政府捏了一把冷汗。「国安会」想要了解过去八年究竟是如何与日方谈判，居然一件档案都找不到，只好自己想办法利用过去的管道对日交涉。
当局不否定许世楷努力
另一方面，参与交涉的「国安」人士表示，这次事件有如大卡车撞摩托车，日方当然知道自己理亏，在双方都表达高度善意后，可以圆满落幕。「外交」系统不否定已请辞驻日代表的许世楷在事件中的交涉努力，但大部分的努力还是在台北完成的，因为这些管道并非许世楷一人独有，国民党方面也有其管道，即使被国民党立委批评的日本事务会执行长蔡明耀都有许多人脉可通日方高层官员，这些台面上与台面下的努力，才让事件落幕。
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