马英九上任后，一向主张党政分离强调自己不会兼任党主席，不过，现在却传出马英九的态度松动了，特别是在“考监”两院委员的同意权行使风波后，让马英九心有所感，因此传出不排斥兼任党主席的讯息。
东森新闻报道，对此传闻，国民党“立委”吴志扬说，不可能不去管事却要大家自动靠近，然后要去拥戴，而且把支持的基础放到一旁，对执政本来就会不顺畅。因此他支持马应九接任国民党党主席。
但是“总统”兼任党魁，党内显然有些杂音，“立委”徐中雄表示，此举有违马英九当初所讲的话，他认为马应该要多跟党内做沟通、说服大家，而不是党内谁有要求就顺从他，就连马系“立委”态度也所疑虑。
但其实马英九的态度松动，早在考“监委”人事风波时就可以看出端倪，沈富雄落马、张俊彦退选，让马英九深感没办法掌握党机器就会连带影响党内影响力，加上“立法院长”王金平可能角逐下任党主席，马英九也有了危机意识。
可望接掌“考试院长”的国民党副主席关中传出正在筹划修改党章，可见马英九回锅担任党主席并非空穴来风，一旦成真，马英九最快明年底接任党魁也势必造成国民党内另一波权力板块移动。
另据中央日报网路报报道，针对媒体报导马英九是否兼任中国国民党主席议题，学者各有正反意见，台北大学公共行政系教授周育仁认为马英九站上第一线有助党政运作更顺畅，台大国家发展所教授周继祥及中央研究院欧美所兼任研究员曹俊汉则认为，党政合作应朝建立机制努力，不宜寄托在谁接党魁上。
国民党党章研修小组讨论“总统兼党魁”条款，学术界对马是否兼任党魁议题也有不同看法。
周育仁表示，马是七百多万票选出的领导人，民众强烈期望应该站上第一线主导，但现行是一个团队四个马车各自奔跑，若有效整合“总统府、行政院”、国民党中央及“立法院”这四个马车，在规划政策、人事案一开始时就交换意见，这样人民会感受到政府是有系统的运作，对提升国家竞争力是好事，马兼任党主席是一个可思考的方向。
不过周继祥则表示马不适宜兼任党主席，认为新政府一度发生“立法院”对马提名的“考试院、监察院”人事有不同意见，问题是出在党政运作机制没有制度化，党政高层要去思考，像“总统”设立的“国政小组”是否要制度化，重点应以机制为主体，而不是寄托在谁来当党主席。
曹俊汉也不建议马接党主席，认为现在的党政发展，谁接党主席都不能保证党政未来运作会更顺畅，并期许一个伟大的领袖，不是靠命令，而应发挥说服的能力。
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