台湾执政党和反对党之间就台湾和中国大陆和平协议与全民公投问题继续唇枪舌战。台联党主席黄昆辉声称要起诉马英九涉嫌叛国。
在台湾总统马英九提出与大陆的和平协议与公投议题之后，民进党对马英九发动猛攻。立法委员蔡煌榔说：“我们强烈质疑，马英九的公投说只是一个选举需要，他又在耍两手策略。”
民进党立法委员陈亭妃说：“(民国)98年5月20号，马英九怎么说？马英九说中国要先撤飞弹，再来谈和平协议。请问中国撤飞弹了吗？”
马英九在10月26日解释和平协议的时候说：“是要为我们两岸之间打造一堵防火墙。我们要求我们的反对党民进党不要把这种为台湾人民未来谋求和平的努力把它抹红，把它说成卖台统一，或者说成投降。他自己做就不是，我做就是，这是不公平、不合理的。”
蔡英文表示，她过去谈和平协议，和马英九前提不同，马英九的前提是九二共识，一个中国，让民众忧虑不安。
对此，马英九竞选团队发言人马玮国说：“马总统的两岸政策架构是这样的：在92共识之下，中华民国宪法之下，对人民有利这样一个情况。蔡英文主席在两岸政策上一向都是非常反复的。”
民进党立委陈亭妃等人质疑说，马英九为和平协议设定的三个条件是不是在骗人？
马英九重申这三个条件说：“未来的10年，如果国家没有需要，或者民意不支持，或者国会没有办法有效监督，我们都不会推动。把这种让台湾2300万人民决定台湾未来的作法说成是投降协议，我觉得这对人民是种侮辱。”
马英九提出和平协议要先经过公投后，民进党立委推动公投法修正草案，被国民党立委封杀。蔡英文说，这显示国民党与马英九立场不一致。 她还说：“马总统对公投的态度其实不是真心诚意地要去推动”。
绿营台联党的主席黄昆辉批评马英九与中国大陆“眉来眼去”，声称要告他触犯刑法的外患罪，涉嫌叛国。
对此，为马英九助选的团队“台湾加油赞”的发言人马玮国告诉美国之音：“我们建议台联党主席黄昆辉先生，如果你要告马英九叛国的话，也请你把蔡英文主席也一并告下去，因为毕竟她也曾经提过和平稳定的互动架构，她也曾经说要延续前朝的政策。如果要告马总统，请台联不要大小眼，不要有双重标准，就两个人一起告。”
对于和平协议与公投问题，中国国台办发言人杨毅表示，结束两岸敌对状态，达成和平协定，符合中华民族整体利益；政治协商是个不断创造条件，将来水到渠成的事，不应允许任何政治势力借机炒作。 杨毅还表示，大陆推动两岸协商的思路仍然是“先经后政、先易后难、把握节奏、循序渐进”。
在马英九提出与大陆的和平协议与公投议题之后，他在民调中对蔡英文的领先幅度明显缩小。
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