国民党总统候选人马英九以689万1139票、得票率达51.6024%，成功连任。民进党总统候选人蔡英文输了近80万票，探讨这次民进党的败选原因，最主要还是输在两岸议题。
由於过去扁政府执政8年，两岸关系陷入僵局，导致4年後的今天，人民对民进党进程两岸能力的印象仍受限於刻板框架。当两岸签署ECFA之後，的确有不少选民在经济上获利，担心蔡英文若当选，两岸关系不稳定，恐导致生意上的损失、工作机会的不确定性的，显示马英九的「两岸安定牌奏效」。
最重要的是，前美国在台协会台北办事（AIT）处长包道格，以及各企业财团负责人在选前关键时刻，公开为「九二共识」或为马英九背书，确实为国民党的安定牌生成加乘效果。
至於民进党总统候选人蔡英文提出的「台湾共识」、「大联合政府」，以及「协商式民主」等议题，仍难以说服绝多数台湾选民。
蔡英文在选战期间虽然提出不少开创性政见，包括「在地经济」、「非自用住宅实价课税」、「2025非核家园」、「社会住宅」等，但政见主张与内容未能深入基层与一般民众，加上被对手阵营炮打内容空洞，因此得分不多。不过，在某种程度也反应，多数的选民似乎不太重视候选人的政见。
另外，对蔡英文个人而言，受伤最重的就是「宇昌案」，在选前最後一周虽有数百名科学家和学术界人士公开力挺，连前总统李登辉也表态支持，但蔡英文对宇昌案说不清楚，也讲不明白，却以政治打压回击，反而流失中间选票，也是败选的因素之一。
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