2012年2月15日，大陆某网站及多个论坛爆出重庆市渝北区公安局局长王鹏飞因涉王立军事件被有关部门双规的消息，引起重庆当局强烈反应。当日，重庆市渝北区区长黄玉林通过媒体向外界辟谣，称王鹏飞被调查的消息不实。黄玉林向财新记者表示，关于渝北区副区长、公安分局局长王鹏飞，因重庆市副市长、前公安局局长王立军事件被调查的信息，为不实消息。黄玉林称“今天（2月15日）王鹏飞还参加了区里的会议，他的工作生活目前都很正常。”
正如财新记者介绍，王鹏飞上世纪80年代末毕业于中国刑事警察学院，曾长期在辽宁省铁岭市公安系统任职。先后担任过铁岭县公安局局长、铁岭市公安局副局长、盘锦市公安局副局长，跟王立军在铁岭多年共事。王立军调任重庆后，王鹏飞于2010年末重庆打黑进入收尾阶段时，调重庆市公安局任职。2011年2月27日，王鹏飞由重庆市公安局调任渝北区公安分局局长；2011年8月25日，兼渝北区副区长。
王立军事件后，有关王鹏飞接受有关部门调查的消息不胫而走，原因众说纷纭。 真实的情况是：王立军出走美国驻成都领事馆的第二天，作为王立军得力助手也是亲密战友的王鹏飞，其行踪立即被薄熙来秘密控制，薄熙来为了不给外界造成他肆意抓捕的口实，还是给王鹏飞在可控范围内的相对自由。然而，2月15日上午，就在薄熙来决定对王鹏飞采取进一步措施的时候，消息被有关人士披露网上，引起社会各界包括国际社会的广泛关注。于是，薄熙来一边命令渝北区区长黄玉林公开出来辟谣，称王鹏飞上午还出席了渝北区的区长办公会，一边于当天晚上对王鹏飞采取了秘密绑架行动，将王鹏飞先是软禁在重庆一处部队招待所，之后又转移到距重庆几百公里外的另一座省会城市。
一位在北京公安系统工作的王鹏飞在中国刑警学院的同学告诉博迅记者，王鹏飞被薄熙来绑架后，为了不引起王鹏飞家人、同志、同学、朋友及媒体记者的关注，薄熙来特意指示看守人员对王鹏飞实行有限自由，可以在适当时候与直系亲属电话联系，报告平安，偶尔也可以接听亲戚朋友或同志同学的电话，但凭借经验和电话内容即可判断电话另一端的王鹏飞是被实时监控的，这种绑架方式被薄熙来创新为除“休假式治疗”外的“保护性调查”。
薄熙来为什么绑架王鹏飞？这是所有读者关注的焦点。
据来自山城重庆的深喉介绍，薄熙来绑架王鹏飞的真实原因，是怀疑王鹏飞亲自参与并共同策划实施了王立军夜闯领事馆的行动，薄熙来及其同党认定王鹏飞在王立军面对生死存亡的重要关头，是王身边这位多年与其共事、出生入死、血性忠勇的兄弟战友为其提供了汽车和临时通讯设备。这里必须要交代的是，王鹏飞在重庆市公安局另一重要的身份：重庆市公安局技侦总队总队长（这一职务在王立军出事的次日即被薄熙来指示秘密解除）。王立军给薄熙来制造了天大的麻烦，对于王立军比较了解的薄熙来认定，当时处于惊弓之鸟神经高度紧张状态的王立军，在出走的细节上一定得到了技侦专家王鹏飞的帮助，因为王鹏飞不仅是当年中国刑警学院的高材生，而且在铁岭市公安局任职期间，就有过技侦支队长的工作经历。于是，疑心重重并自以为聪明绝顶的薄熙来立即命令手下对王鹏飞采取了绑架行动。
薄熙来绑架王鹏飞后，想尽一切办法、软硬兼施让王鹏飞交代是否参与了王立军事件，并交代王立军出走的具体细节；薄熙来尤其需要得到的准确消息是，王立军究竟交给美国领事馆哪些不利于自己政治生命的材料，这些材料除了王立军以外，还有哪些人有备份；另外，薄熙来还想通过王鹏飞了解，王立军通过王鹏飞的技侦总队，还掌握哪些能致薄熙来于死地的绝密材料。面对薄熙来同党，刑警和技侦出身的王鹏飞，对薄熙来想要的东西只字没有，令薄熙来暴跳如雷，有时更如热锅之蚁。由于当时中央对王立军的态度薄熙来根本无从得知，国际社会及全世界的媒体也对王立军事件密切关注，令薄熙来无法对王鹏飞下狠手，以便逼供出自己想要的东西。这样的调查直至薄熙来去北京参加两会。
3月15日，两会结束次日，北京宣布薄熙来不再兼任重庆市委书记后，王鹏飞的境遇得到转机，由原来的秘密地点被转移回重庆，所谓调查也按照中共党内相关程序进行，交由重庆市纪委。
消息人士称，由于王鹏飞没有涉及重庆打黑的实质过程，不存在外界猜测的参与刑讯逼供，更没有贪污受贿等重大违法犯罪行为；王鹏飞的职务按照组织程序安排，不属于违反原则的破格提拔；出身科班毕业于中国刑警学院的王鹏飞在铁岭、盘锦、重庆任职期间，同事口碑良好，工作能力水平得到公认；王鹏飞调任重庆任职的重要原因并不仅仅是因为他与老上级王立军的私交，也是由于他的能力得到王立军及其他同行领导的欣赏并认可，也是技侦刑侦专家。鉴于此，已经完全不受薄熙来控制的重庆当局有关领导，很可能考虑从大局出发，为了重庆警界的团结和稳定，在近期恢复王鹏飞的工作。
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