针对保钓人士的登岛，日方事前已进行了全面的准备。据海上保安厅相关人士透露，在香港的保
钓团体宣布尖阁诸岛(中国称为“钓鱼岛”)登岛计划后，日本各政府相关部门已进行了商议。迄今为止，日本都希望通过外交途径解决尖阁诸岛问题，所以此次事先制定的也是克制的方针，不展开让船只失去航行能力的攻击，不进行可能产生人员伤亡的阻拦行动。
事实上当保钓船驶入岛屿附近的日本领海后，日本海上保安厅的巡逻船相继采取了喷射水柱、从船体侧面碰触等行动，希望改变香港保钓抗议船的行驶路线。但未采取封堵行驶路线，迫使停船的措施。日方原先考虑即使保钓人士登上岛屿，只要其听从命令离去，将视情况不予以逮捕，而只要求其返航。
而某负责调查的相关人士指出:“当时如果遭到导致双方冲突等强烈反抗，事态将更加恶劣，我们将不得不采取更严厉的措施。”
8月15日傍晚5时30分左右，抗议船驶抵达鱼钓岛，其中7人登上了该岛。已在岛上待命的冲绳县警方对上岛的7人进行了反复劝退，之后逮捕了不听从警告、试图继续行进的5人。岛礁上插上了中国国旗和台湾旗帜。5人并未携带武器，在被逮捕时没有进行激烈的反抗。
随后，抗议船驶离鱼钓岛。此后海上保安厅的巡逻船跟踪追赶并登船，并于晚8时许逮捕了船上的另外9人。其中包括两名同行采访的香港凤凰卫视记者。
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