中办调研室主要是为政治局常委负责起草报告、文件、讲话等。1998年，令计划出任中办调研室主任，1999年底，他昇任中办副主任兼胡锦涛办公室主任，成为副部级高官，也是中办最年轻的副主任。
长着一张娃娃脸的令计划，思维敏捷，工作勤勉。熟悉他的人说，这是一台“工作机器”，除了打几下乒乓球，一天只睡三四个小时，其余时间都是工作、工作。他对中共党、政、群、团各部门错综复杂的体制结构瞭如指掌，善于处理各方面的人际关系，文字能力虽然不能与那些科班出身的专业刀笔吏相比，但他善于领会上级意图，善于总结和归纳，得到胡锦涛信任不是偶然的。
2002年，令计划在中共十六大上被选为中央候补委员，名列158名候补委员中的第150位，说明他的资望在代表的心目中还不算太起眼。但他继续青云直上，2003年昇任中共中央办公厅主持常务的副主任，明确为正部级，与中央书记处书记兼中央办公厅主任王刚一起，主管中央办公厅的日常运作。当然令计划的最主要工作，还是为中共第一号人物胡锦涛服务，从工作安排、会议计划、外事活动，到平时的生活作息，事无巨细，他都要一一操心。凡是胡锦涛要出国访问、下去视察，令计划必先亲临胡锦涛要现身的现场，踏勘路线，检查设备，做到万无一失；而有关胡锦涛的新闻、文稿都要经他审定。
2005年9月纪念抗战六十週年之际，香港记者在采访中国领导人在天安门广场举行献花仪式时，曾见到令计划在胡锦涛等人还未抵达天安门广场之前，亲自带领一名警卫绕人民英雄纪念碑仔细检查，确保安全，大为感慨。
尽管当时他衹是中央候补委员，但满朝文武没一个敢小觑这张“娃娃脸”。甚至有人形容他的地位宛如当年的曾庆红，将会随胡锦涛地位巩固、影响扩大，而成为中南海的“大管家”，虽然与曾庆红相比，令计划没有地方和经济工作经历，不能不说是一个重大缺陷。
2007年9月，51岁的令计划昇任中央办公厅主任，正式成为胡锦涛的首席“幕僚长”，是中共十七大开幕前夕高层人事调整的最高潮。
中央为何在十七大举行前宣布这项任命？媒体分析称，最大的可能，胡锦涛是要告诉出席十七大会议的党代表，令计划是要进入权力核心的人，无论如何都要让他进入中央委员会。
令计划的三位前任，温家宝、曾庆红、王刚，担任中办主任后都当上中共中央政治局候补委员、中央书记处书记。令计划也完全有可能步他们的后尘，但是，获得这些职衔的先决条件是：必须先经过党代表投票成为中央委员。
据称，令计划的超常规跃昇，在中共高层基本上没有遇到多少阻力。一年多后，令计划又兼任中央直属机关工委书记，大权在握。
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