朱镕基深谙惩治腐败是赢得民心的第一要务。在上海任市长和市委书记期间，他那雷厉风行、严明强硬的工作作风，令上海机关作风为之一震。
朱镕基在竞选上海市长的演说中提出的七条施政举措，第一条便是提高政府办事效率，公务员廉洁奉公，并表示要身体力行，在上海努力建立起一个高效、廉洁的政府。他曾给局以上干部立下三条为政标准，即：解放思想，做敢冒风险的改革者；为政清廉，做问心无愧的公仆；深入基层，做解决问题的能手。
朱镕基任上海市市长后，即向各区、县长及市政府人员赠送古训并逐句解释：“吏不畏我严，而畏我廉；民不畏我能，而畏我公。公则民不敢慢，廉则吏不敢欺。公生明，廉生威。”他还亲自主持制订了市政府《干部廉政守则》，制订了“四菜一汤”制度，鼓励纪检干部大力肃贪，要求纪检监察部门，把眼睛盯住全市干部，发现问题，“及时查处”，“摘牌”， “撤职”，“害群之马，开除！”在上海刮起了“廉政风暴”。
“不管前面是地雷阵还是万丈深渊，我都将一往无前，义无反顾，鞠躬尽瘁，死而后已”。这是朱镕基在九届人大一次会议上当选国务院总理后回答记者提问时的“经典名句”。
朱镕基任总理后，大刀阔斧地推行各级机构改革，光是精简国务院机构，就裁减200多名副部级官员。其惩治腐败的举措还指向了走私、制假以及军队经商等顽疾。在他的直接过问下，全国先后严肃查处了厦门远华、湛江等震动全国的走私大案，使一批贪官受到了应有的惩处。
另外，朱镕基还严肃查处各种弄虚作假、欺上瞒下的“数字腐败”，要求各地各部门“挤水分”，讲实情。特别是朱镕基怒斥被洪水冲垮的九江长江大堤是“豆腐渣工程”、是“王八蛋工程”，被称为经典国骂。
在中央一次重要会议上，朱镕基铿锵有力的发言至今让人感到振聋发聩：在反腐败问题上，中央是有决心的。这个问题不解决，中国就无法长治久安。反腐败就是要先打老虎后打狼，对老虎决不姑息手软；要准备好一百口棺材，也包括我的一口，无非是一个同归于尽，却换来国家的长久稳定发展和老百姓对我们事业的信心。
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