「九月政争」衍生的王金平党籍存续官司，选后是否休兵，成为代理主席吴敦义第一个待解难题。身为党内接班热门人选，夹在马王之间，得思考是马规吴随，继续缠斗下去？还是走自己的路？两者都牵动党内势力的合纵连横。
即使一败再败，党内苦口婆心，甚至是下台前夕，马王和解、撤销告诉的呼声在党内不曾停过，但马英九始终不为所动，坚持告到底。如今马英九下台，王金平党籍案列为败选「检讨」的第一案，随著党内「多数民意」汇集，吴敦义自是难以迴避。
虽然自许2016大选的king-maker，只差大位一步之遥的吴敦义，私下动作不断，譬如建立和党内大老每月定期聚会的互动模式，当中包括在国会有绝对影响力的王金平；因此，在马英九发出对王金平的「追杀令」时，吴敦义在决策会议上是独排众议，力主事缓则圆的。
虽然马英九执意「灭王」，但今年3月，就在王金平党籍案官司宣判前夕，吴敦义还是与党内及企业界大老，一起为王金平庆祝73岁生日。党内明眼人都看得出来，去年十九全，提案力主让王金平有尊严地恢复党籍的中常委林荣德，就是标准的吴系人马。
基于政治伦理，吴敦义从未公开对王金平的党籍官司表示意见，但「心证」党内人士多少可以掌握。只是如今当家，更盱衡全盘情势，与王金平眉来眼去，或许马英九可以睁一只眼，闭一只眼，如果踰越底线，只怕形同挑战其领导权威，自是不利其问鼎大位。
况且，党内最大诸侯、新北市长朱立伦至今未对党主席选举表态，未来动向更是牵动与台北市长郝龙斌、王金平等竞合关系；虽然有党内民意的声援，自主意识抬头的立委更是一股不能轻忽的力量，但面对百废待举的颓势，吴敦义任何一步都必须斟酌再三。
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