台湾陷入历来最大规模的禽流感风暴，令人心惊的是，病毒检测报告证实，除了出现旧型H5N2病毒株，台湾此波禽流感疫情还遭新型H5N2及H5N8两毒夹杀，新型H5N2是全球首例，H5N8则是台湾首见。H5N2、H5N8虽尚无禽传人的证据，但官员不讳言表示，须严密防堵病毒基因重组，避免演变成如H5N1、H7N9等人禽共通、对人有高致死率的病毒。
行政院农业委员会主委陈保基表示:“今天我们做了一个比较重要的决定，为了监控新移入的H5N8，及H5N2新型的流感病毒，我们跟地方防疫单位连线，也取得共识，就是如果这个养禽场它的死亡率是高的死亡率，送来的检体确认是H5，我们就立即扑杀，应该在最短时间内，我们把感染新型病毒的场全部给予处理。”
陈保基预言，未来一个月内会有愈来愈多禽场通报，就像当年台湾发生狂犬病一样，希望这次能在第一时间把新的禽流感病毒阻隔在台湾的传播。截至13日农委会发布的最新讯息，台湾已有北、中、南七县市65个鸭、鹅、鸡场出现异常高死亡率的检体送验，其中有20个鸭场、鹅场确诊。而这65家新名单中，赫见一家肉鸡场，若未来两天内确诊为禽流感，则疫情将从“水禽”延烧至“陆禽”，影响范围难以估计。
行政院副院长张善政直言:“防疫若要一个月，我觉得会很久”，疫情已扩大好几县市，请农委会成立跨县市的平台，行政院环保署、卫福部也是重要成员，防疫工作随时可以拉高到行政院的层级。张善政还说，目前虽没有禽传人的案例发生，但防疫一定要有超前布署，卫福部已掌握271名从业人员，有流感症状者有4至8人，目前已在监控中。
外界指责台湾这次禽流感疫情失控，与业者延迟通报、政府防疫工作失灵有关。农委会防疫检疫局副局长施泰华表示，秋冬为候鸟度冬高峰期，台湾是候鸟必经之地，政府持续进行候鸟监控，一月才接获业者通报，即进行3公里范围内禽场加强监测和消毒，全台水禽屠宰场停止屠宰两天，且水禽禁止移动并加强运输车辆及装载箱笼消毒。
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