在国民党新任主席朱立伦宣布不再就王金平党籍案上诉，“王金平确认为本党同志，并无疑义”后，马英九随即发表声明“严正表示失望与不能认同”，批评“变相纵容党员违纪”，并且强调将违反党纪的王金平开除出党，是捍卫国民党的核心价值，“不能和稀泥”。对于马英九如此高调的表
现，有观察家认为，马英九的“坚持”已经成为国民党重新出发的最大阻碍。马英九一直强调的“坚持”并未令当前的僵局获得解套的机会，反倒是他不断的坚守，令本能顺利解决的问题最终以“马朱决裂”的形式呈现在各界眼前。而从中也能看出，马英九作为一个政治人物，连最基本的政治素养——妥协，都不曾拥有。可以说，马英九的魅力早已消失无踪了，而他现在更多是充当国民党未来发展的“绊脚石”。
在朱立伦宣布不再委任律师承受王金平党籍案相关诉讼后，马英九对此表示失望、不能认同，更批评朱立伦此举对党的公信力及制度会造成无可恢复的伤害。针对朱立伦此举，马英九发表了一篇1,300多字的“个人声明”，强调国民党是一个有是非、讲道义的开国政党，始终以“清廉、勤政、爱民”为核心价值，面对大是大非的司法关说争议，不能乡愿（即伪善），也不能和稀泥，必须捍卫党的核心价值，否则无以对百万党员交代。
马英九特别表明，国民党当初决定上诉最高法院，绝不是“马王之争”，而是为了维护党的制度及长远利益。他指责法院之前判决王金平胜诉，是彻底否定国民党的考纪制度，变相纵容党员违纪，对日后每一次重大选举都会产生不利影响，也对党的公信力及制度造成无可恢复的伤害。
不过，对于马英九批朱的表态，国民党内立委并未挺马，直指马总统应尊重现任党主席，也有立委劝“马大元帅”以大局为重，要放得下。国民党立委廖正井表示，马总统应尊重现任主席，并反省当初为何只听前检察总长黄世铭一席话，就直接对王金平开铡，“马不检讨自己，却说这些话非常不妥”。他也直言，若马王互换角色，“马做何感想？”
立委卢嘉辰说，希望马总统释怀，将精力放在国家大事上，党的事情交由朱立伦处理就好，“拜托马大元帅尊重司法，要放得开、放得下，以大局为重。”
其实，对于如何处理王金平党籍案，马英九与朱立伦始终没共识。农历春节前，马英九再次邀朱立伦单独沟通，朱主张家和万事兴，但马仍坚持大是大非不退让，类似的剧本在春节后仍上演一遍：朱高喊团结，马却强调“有是非、讲道义”。显然，马英九就像唐吉轲德般，与党内的政治现实渐行渐远。据悉，在朱立伦宣布前的党务高层会上，考纪会主委黄昭顺提及，马总统在春酒一番国民党是“有是非、讲道义”的政党谈话，让外界不断询问王案后续如何处理，令她不知如何是好。朱立伦听闻后回称，“没关系，等一下我会有重大宣布，一次讲清楚！”显然，朱立伦心意已决。随后，朱照着脚本走，确认王金平为同志“并无疑义”，事先也没有告知总统府，带有闪电突击的意味。
对此，观察家认为，从马朱双方多次沟通没结果来看，这样的结果并不意外。在朱立伦成为国民党新任党主席后，就曾表示要让国民党重新上路，要将所有基层同志与老朋友都找回来，更要让年轻朋友认同国民党。而他随后在对待党内大佬的表现，如让连战从智库让位、拒绝新增荣誉称号等举动都表明，对于国民党的改革，他有着自己的看法和思路。这些其实在多维新闻之前的分析中就已经有所体现，而朱立伦对王金平党籍案的处理也有着彰显自己权柄的意味。
其实，从国民党当前的政治现实来看，朱立伦此举是不得已而为之。面对即将到来的2016选举压力，强调要让国民党重生的朱立伦已经感受到各方面的压力。毕竟，朱立伦早已宣布弃选2016固守新北，而民进党则确定由蔡英文出马，倘若要从党内觅才，与其亦敌亦友的吴敦义，恐非首选。王金平似乎就成为朱最属意的备胎，或许正是如此，朱立伦才会为这场“马王政斗”划下一个句号，让王金平的党籍纷争解套，让国民党内部不会继续因此失血。
但可惜的是，马英九却因为自己莫名的“坚持”让国民党未来将不得不去面对即将爆发的风波。对于马英九坚持以法律手段来处理政治问题，外界均感到无法理解。作为一个政治人物，在处理问题时理应具有相应的政治素养，但马英九却固执地摈弃这些有效的方法不用，转而运用法律手段来处理，让一个本应顺利解决的问题发展成为影响马英九及国民党政府执政的风暴。这样的结局，不知道马英九在当初是否能够想到？
在九合一选举溃败过后，马英九为其无谓的“坚持”付出了代价，以辞去党主席一职来承担败选之责。而随着新任主席朱立伦的上台，身为老人就理应为新人辅政铺路，营造一个良好的环境来促使国民党在改革过后顺利重生。但在马英九发表这份言辞强硬的声明过后，国民党未来的改革之路将走得更加艰难。
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