2013年2月5日，党媒人民网转载了《春城晚报》的“云南暂停省内全部劳教审批”的消息。当时有分析称，主政云南的秦光荣叫停劳教是紧跟习近平，并向其献“衷心”。
然而，有知情人士称，秦光荣曾积极投靠薄熙来，并表示过要“把云南打造成支持薄书记的坚实基地”，受到了中央的调查。而在王立军闯入美领馆后，《云南日报》头版报导了2月8日到9日，时任重庆市委书记的薄熙来来访问云南期间，云南省委书记秦光荣、省委副书记仇和陪同考察的消息。在倒薄时，秦光荣选择了站在周永康、薄熙来一边。
在秦光荣公开向习近平表“衷心”前，经云南省十二届人大一次会议选举通过，云南省委书记秦光荣再次当选为云南省第十二届人大委员会主任。省委书记兼任人大主任在其它省份并不罕见，不过，在众多涉足薄熙来桉件的官员纷纷落马之际，秦光荣不仅没有受其影响，反而官运继续亨通，令人匪夷所思。
薄熙来落马前，曾于2012年2月8日来到了云南考察，并造访了昆明军事基地。据悉，该基地的驻军是解放军第14集团军，而该部队以前曾经接受薄熙来父亲薄一波的领导。在云南的两天行程中，云南省委书记秦光荣是一路陪同薄熙来，包括考察军事驻地，薄还特别表示：“云南是我们的好邻居，两地有着特殊的感情。”
有消息称，秦光荣未因薄熙来桉而倒台，其主要原因是他出身于团派，因此受到胡锦涛、令计划的庇护。
2014年3月9日，据中纪委网站消息，云南省副省长沉培平涉嫌严重违纪违法，目前正接受组织调查。
据消息人士透露，沉培平和云南省委书记秦光荣给周永康家族和贺国强家族数百亿的利益输送。秦光荣给周永康家族和令计划家族上千亿锡矿的资源，在2009年被中纪委发现后，秦光荣动用云南省国投40亿送给贺锦涛（贺国强长子）的公司。
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