1997年，在中共十五大召开前，郭伯雄被调回兰州军区，并晋升为军区司令，正式成为镇守西北边陲的一方诸侯，并在1997年的中共十五大上被选为中央委员。1999年9月，在高级将领中更为年轻的郭伯雄被增补为中共中央军委委员，并在当月晋升上将军衔，出任解放军常务副总参谋长。2002年11月的中共十六届一中全会上，刚刚步入花甲之年、从戎四十载的郭伯雄，当选为第十六届中共中央政治局委员、中共中央军委副主席，成为军界名副其实的“二号人物”；次年3月，郭伯雄当选中华人民共和国中央军事委员会副主席，成为中国人民解放军的最高领导人之一。2007年10月继续当选中央军委副主席，于2012年秋卸任。 就任中央军委副主席后，郭伯雄的统帅能力并未像早期的练兵才能那样赢得交口称讚。
“平庸”，是《路标》君接触到的几名军内相当级别的人士对郭的一致评价。一位总参内部人士如此分析，“郭伯雄是草根出身，他的每一步都走得胆战心惊，当上军队副主席后也谨小慎微、显得平庸。”
军队内部改革也极少郭伯雄个人的印记。自2003年起的十年中，为避免利益纠纷，军队体制改革等重大事项全部交由令计划执掌的中办负责，郭伯雄和徐才厚二人所能影响的并不大。
总参内部人士透露，当年总参内部曾建议改派作战部队参与联合国维和任务，而非以往的工兵、医疗部队，但最终被郭否决。原因就在于郭“是很讲政治的”，担心派作战部队引发外交纠纷、或带来风险。
2013年4月6日，郭伯雄来到王兰江家中看望王兰江。
但《路标》君获悉，郭伯雄在军队高级军官的人事安排上并不“平庸”，他和徐才厚是直接拍板者，也“获益匪浅”。军队知情人士透露，军队将领升迁军队实行“双头制”，具体来说，师级以上的人事任命是两位军委副主席一起来圈阅后再上报。郭、徐任军队副主席时期，高级军官想升迁或挪位要给二人送钱基本是公开的秘密，“在人事安排上收了不少钱可能是郭、徐二人的最大污点”。
该人士进一步透露，震惊国内的谷俊山贪腐桉，郭伯雄也脱不了干係。虽然谷俊山是徐才厚的亲信，但如果没有对郭伯雄的打点，谷俊山还是不可能当上后勤部副部长。
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