在台湾“总统府”公布“习马会”的消息后，台湾最大在野党民进党质疑政府在马英九临出发前才公布消息，有黑箱作业之嫌。
民进党在声明中指出，两岸间的正常交往互动，应该有利于台湾自由民主发展，而且符合尊严对等、公开透明及民主监督原则。声明指出，两岸议题攸关“国家”利益，应该超越政党考量，不应拿来做选举操作。台湾明年1月即将举行“总统”大选，民进党质疑马英九在此敏感时间点进行会晤，“如何让人不去联想这是意图影响选举的政治操作”。该党还批评政府在“习马会”临召开前以“突袭”方式告知台湾民众，在缺乏共识的情况下仓促行事，“再一次凸现马政府‘黑箱作业’的惯性，违背民主、规避监督，人民难以接受”。
值得注意的是，民进党虽未反对两岸领导人会晤，但呼吁马英九“相关的安排与所有的言行，都必须符合彰显“主权”与‘国格’及公开透明的原则，绝不能矮化主权、伤害‘国格’与民主自由的价值，不能让国际社会形成错误的认知，更不能做出任何政治承诺或签署任何形式的文件”。
民进党“总统”参选人蔡英文4日午后在中常会前就“习马会”发表谈话称，两岸领导人会面涉及“国家”尊严和利益，在如此混乱仓促的情况下告知民众，对台湾的民主政治是有伤害的。她批评，如果国民党每次到了大选前夕，都将两岸议题当作政治操作，对长远的两岸关系是负面影响，也不会获得台湾人民的认同。蔡英文指出，两岸关系应该跳脱政党政治利益考量，她还提醒马英九，不能在卸任前为了个人的政治评价框限台湾的未来，也无权承诺自己无法负责的事情。她强调，“对等尊严、公开透明、不涉及政治前提，是必须被遵循的原则，也是不能被牺牲的底线。”
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