在2002年底习近平升任浙江省委书记后，担任省委组织部副部长的锺绍军就被习近平看中了。到了2004年底，锺绍军被调到浙江省委办公厅担任副主任，从此开始了长达10年的担任习近平的大秘生涯。
习近平在浙江主政5年时间，无论是外出开会，还是到下边调研考察，锺绍军都会像影子一样相伴相随。只要检索一下习近平在浙江省任职期间的新闻报导，几乎都能看到省委组织部副部长或省委办公厅副主任锺绍军的名字。
2006 年5月，规模庞大的“中国浙江周”活动在美国纽约开幕，习近平率领人数众多的浙江省代表团，由东向西“横扫”美国，掀起一股“浙江热”。在这个庞大的浙江 代表团中，自然少不了习书记的秘书锺绍军。据悉，锺绍军不但负责习近平的日程安排，而且还主持撰写了习在美国的致辞、讲话。
2007年3月，中央突然宣布习近平调任上海市委书记，并成为中共第五代的领跑者。3月23日上午，宁波国家高新技术产业开发区揭牌，习近平委託秘书锺绍军，以浙江省委书记的身分给揭牌仪 式发去了贺信，寄语宁波国家高新技术开发区“鲲鹏展翅搏长天”，并称该高新区的成功升级对于“促进（浙江）经济又好又快发展”，必将起到重要作用。
这是习近平作为浙江省委书记最后的公务活动。习 近平带着锺绍军到上海上任后，暂住在西郊宾馆。此后，上海市有关方面为习近平安排了一幢800多平方米的英式三层独立花园洋房，遭习拒绝。当时，上海市 委还从市政府外办调拨一辆奔驰400型轿车、一辆凌志轿车，作为习近平和秘书锺绍军的专车，最后因习要求也变成了国産车。
据 《他将领导中国——习近平传》（明镜出版社）披露，习近平履新后，因有工作要与新上任的浙江省委书记赵洪祝交待，需要去杭州。为此，上海方面特意为习近平安排了驶往杭州的专列。而中央早有规定：国家主席、副主席、总理、人大委员长、政协主席及政治局常委、中央军委副主席，才有资格乘用专列。
习近平拒乘专列，改乘“麵包车”驶往杭州。习对前来送行的市委办主任说：“谁搞的？这是违纪的，是明知故犯。我不能搞，下不为例。”据知情人士说，那时习近平从上海回杭州，只有升任上海市委办公厅副主任的锺绍军一人陪同。
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