11月6日，清华大学副校长施一公的研究组在《基《基因与发育》（Gene & Development）在线发表题为《凋亡复合体原子分辨率结构：细胞色素c和dATP激活凋亡蛋白酶活化因子1的分子机制》的研究论文。
这离上一篇论文的发表不到3个月。8月24日，施一公团队发表关于剪接体的论文，引发轰动。
在10月屠呦呦获得诺贝尔奖时，施一公亦清醒地公开呼吁：“中国的崛起真正到了居安思危的时候。即我们再拿几个诺贝尔奖、再取得几个大的科技突破、再出现几个重大新药创制……也都是应该的。我们目前对于世界文明的贡献是远远不够的。”
在刚刚得到副校长任命时，施一公说，自己每年在清华要教约100节课，“这是雷打不动的，无论是不是副校长，我相信我的课一节都不会减，只会增加”。他也坦言，如今投入科研的时间已不如刚回国时，不过也有约一半时间会“老老实实做研究”。
“副校长”的任命给施一公带来了无数的争议，人们担心一位明星科学家放在科研上的时间会越来越少。
但至少目前看来，施一公在努力平衡行政角色与科学家角色—而他更看重的，也许是改革者角色的再度出发。
作为副校长，施一公在过去的两个月内会见了三位外宾：9月底会见日本名古屋大学校长松尾清一、美国匹兹堡大学校长帕特里克·加拉格尔(Patrick D. Gallagher)，10月份又会见了美国加州大学圣克鲁兹分校校长乔治·布卢门撒尔（George Blumenthal）。
这些并非例行公事的外交，至少美国匹兹堡大学与施一公，早就相互熟悉并且合作多时。
2007年施一公从美国回到清华，担任清华大学生命科学学院院长和医学院常务副院长，随即领导清华医学院开始了创业与改革。“我们心里有个梦想，希望能够在新世纪(66.55,6.05, 10.00%)之初创造一个先进的医学教育模式，像当年的协和一样，为未来100年的中国医学打下新的人才基础。”施一公当时说道。
在赴美考察了哈佛大学和约翰·霍普金斯大学的医学院之后，施一公发现，临床医学正在越来越多地被现代生命科学和医学基础研究所推动—而国内的700万名注册医生，接受过系统的现代生命科学研究训练者却寥寥无几。
施一公希望赶上国际一流医学院开始的这新一轮教学改革。于是清华“医学实验班”（原名“药学实验班”）起步，目标是培养医师科学家—这在国内是首次被实践。
实验班采用的“3+2+3”培养方式中，除了在清华完成三年的基础医学课程学习与最后在国内进行三年临床实践学习外，中间出国前往与清华合作的海外医学院进行为期两年的医学科研训练，成了最关键的部分。经过谈判之后，匹兹堡大学医学院愿意以招收转化医学实验室学生的名义接收学生，只对清华收取少量的管理费用。
除了学费之外，学生的生活费、在国外进入医院见习的机会，一切都需要施一公和他的同事们一点点去争取，2011年，清华和匹大终于签订协议，目前，第一批学生已经回国。
改革刚启动的时候，国内其他医学院对改革质疑颇多，“清华不懂医”，随着第一届回国的学生进入协和医院，开始三年临床学习，质疑声终于开始转变。协和医院的带教医生评价称，实验班的学生无论是课堂表现还是临床实践都与其他学生不同，“问的问题跟别人不一样”，两年的科研训练背景让他们的思考更深入。
6年来，施一公在科研上的成果显而易见：清华大学的生命科学学科从只有40多个独立实验室增加到了120多个，引进到清华全职工作的世界范围的人才已有70余名。
在2014年12月27日的吴杨奖颁奖礼上所作的演讲《我的科研动力》中，施一公说：“我有些地方和很多执着的科学家们不一样。他们因为兴趣驱使在做科学研究。我有兴趣，但最初并没有那么强烈的兴趣做研究，我的兴趣是很晚才培养起来的，驱使我的更多是责任和义务。”
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