“六四”期间李源潮同情学生，并要求“听到枪声立即卧倒”。
据最新出版的《明镜月刊》披露，许家屯四年前在接受明镜采访时透露，李源潮曾经表过态，说中央领导同志很关心他，欢迎他回去。许家屯因为不认同北京在1989年武力镇压民主运动的做法，出走美国。多年以来，一直无法归国。
1989年的学运，对许多经历者来说，是认识中共第五代领导人的一个窗口。
熟悉李源潮的人说，在团中央，李源潮分管宣传，当时团报《中国青年报》很有活力，言论大胆尖锐，也给李源潮带来不少压力，尤其是“六四”期间更令他被中宣部指责为态度软弱。
据媒体透露，在1989年“六四”学生运动期间，李源潮曾同情那些要求民主的学生，并且在“六四”後，在共青团内还保护了一批人。
在1989年的六四事件中，共青团中央的官方报纸《中国青年报》刊登了一些同情学生的文章，《中国青年报》是坚持采用发来自广场的报导的党报之一，记者卢跃刚甚至在镇压即将开始的6月2日，仍然蹲在天安门广场采写新闻；六四事件前，不少团中央机关干部曾在戒严後组织游行，声援绝食学生。最厉害的是，《中国青年报》记者李大同代表1013名首都记者，向中共中央递交要求新闻自由的请愿书并且与高层会面。
“六四”之後，《中国青年报》遭到整肃，但李源潮并没有落井下石，而是到报社安抚人心，希望大家同舟共济。2004年5月，《中国青年报》着名记者卢跃刚给该报顶头上司、共青团中央书记处常务书记赵勇写了一封长达一万三千字的公开信，痛斥赵勇5月24日代表团中央书记处到中青报名为“谈心”实为训话，“树立了一个小官僚‘一朝权在手，便把令来行’的恶劣形象”，指出“剔除大话、套话和言不由衷的话，充满了教训、恐吓和无知”。
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