前总统李登辉1999年接受德国之声专访时抛出特殊两国论，为台海投下震撼弹，据国民党前国大代表及党团书记长蔡志弘透露，为反制李的言论，当时共军加强对台战备，"曾听说平潭当时聚集了106颗星星，准备要拿下乌坵。给台湾动动小手术。"
蔡志弘指出，根据后来美方的解密文件，李登辉抛出两国论后，大陆计画拿下乌坵，后来因为921大地震，加上李登辉也喊停了修宪案，两岸才没有进一步爆发冲突，但当时情势确实非常危险。
蔡志弘还说，他曾遇到当年派驻乌坵连的连长，此人后来也当上将军，在交流中透露，当时情况危急，乌坵曾禁止通讯一个月，官兵连遗书都写好了，可见战火一触即发。
此外，李登辉1999年发表两国论前，曾于1998年8月成立"强化中华民国主权国家地位"小组，召集多位年轻法政学者参与研究，而时任国安会谘询委员蔡英文不只是该小组核心成员，更被李登辉授权专责运作该小组。
当时该小组由国安会谘询委员蔡英文、张荣丰、时任总统府副秘书长林碧炤和台大、政大及台经院等多位法政学者组成，研究如何"强化中华民国主权国家地位"。
李登辉还接受几位国安会资深幕僚建议，决定委请专精国际法的蔡英文负责主持该专案小组。研究期间，蔡曾赴美国、日本、义大利等地，与知名国际法学者交流，就如何从法律面突破国际困境徵询意见，并定期直接向李报告进度。
其实早在1995年，时任政大国贸系教授蔡英文，就被李登辉政府借调入国安会，成为总统幕僚。1998年10月在上海举行的第二次辜汪会谈，蔡英文也以专家身分随团登陆。可见李登辉对蔡英文极为器重。
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