随着武汉肺炎疫情对中国经济冲击愈发明显，累计已达14.6万亿元人民币规模的住房公积金制度存废引发争议。5月18日晚，北京当局发布万字文件谈及此事。北京当局发布《关于新时代加快完善社会主义市场经济体制的意见》。其中提到，“要加快建立多主体供给、多渠道保障、租购并举的住房制度，改革住房公积金制度。”
据《华夏时报》5月19日报道，中国社科院城市与竞争力研究中心主任倪鹏飞说，“中央明确了改革公积金的提法，首先是对取消公积金的一个否定，同时也明确要对目前公积金存在的制度性问题进行进一步改革。”
对于未来公积金改革的方向，倪鹏飞也提出了建议：首先，针对“劫贫济富”的问题实行逆向补贴，工资高的人多缴，工资低的人少缴，并允许使用公积金租房；其次，针对公积金不能转移和随迁的问题，建议将全国性的公积金金融机构，改革成纯粹的政策性金融机构，在金融监管当局的监管下进行运作；最后，针对公积金仅限于买房，不能覆盖养老、医疗等需求的问题，也可以打通公积金和医疗保障基金、养老基金之间的关系。
此前在2月11日，原全国人大财经委副主任、中国国际经济交流中心副理事长黄奇帆发表了《新冠疫情下对经济发展和制造业复工的几点建议》一文，针对制造业复工、复产的困难，提出加快四方面改革，其中之一便是取消住房公积金制度。
这篇文章在学术界和民间掀起了关于住房公积金制度存废的热烈讨论。
黄奇帆认为，住房公积金制度是1990年代初从新加坡学来的，现在中国房地产早已市场化，商业银行已成为提供房贷的主体，住房公积金存在的意义已经不大，将之取消可为企业和职工直接降低12%的成本。
其实早在2017年11月，东南大学经管学院名誉院长华生建议普遍降低增值税、所得税主要税种的税率，废除住房公积金制度；原中财办副主任杨伟民也在2018年提出，建议逐步将强制性住房公积金改为自愿缴存。
不过，上述言论均是在讨论住房制度改革，而此次作为武汉肺炎疫情期间减轻企业负担的措施，取消公积金制度的建议在社会上引起了更广泛的关注与争论。
北京大学光华管理学院院长刘俏与该学院金融学系教授张峥联名发表署名文章反对取消住房公积金，文章认为取消公积金不能真正降低中小微企业的负担，还会对居民收入和消费产生影响。
另有网络媒体展开了一次网络问卷调查，超2,000位参与者中74.62%不赞成取消。
2019年5月31日，中国住建部、财政部和央行联合发布的《全国住房公积金2018年年度报告》（下称《公积金报告》），截至2018年末，缴纳公积金的人数仅为1.4亿，缴纳的住房公积金总额为14.6万亿元，提取总额8.8万亿元，缴存余额多达5.8万亿元。
《公积金报告》数据显示，2018年，支持贷款职工购建住房面积2.87亿平方米，占全国商品住宅销售面积的19.42%。2018年末个人住房公积金贷款市场占有率16.19%，远低于商业贷款占有率。
这也是当前视公积金贷款为“鸡肋”的重要原因之一，以深圳为例，个人公积金贷款最高额度50万，家庭为单位最高额度90万，相较于深圳主流300万-800万的房价，公积金贷款能解决的问题似乎是杯水车薪。
但公积金贷款占贷款比例虽不高，但买房如果能用上公积金，依然比银行商业贷款划算。目前贷款5年以上的公积金利率为3.25%（购买第二套房是3.75%）；商业贷款则为4.85%以上，在目前各地楼市限购限贷的政策下，实际首套房贷款平均利率在5.5%左右。假设贷款100万元，30年期限，使用公积金贷款比商业贷款节省的利息为48万元。
另有财税人士分析认为，站在企业的角度来说，一旦取消了住房公积金，对于企业来说可以省很大的资金成本。在这方面可以通过住房公积金的取消，让企业的经营成本大幅度降低。所以站在企业的角度来说，取消住房公积金比不取消住房公积金会好很多。
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