2012年初，时任重庆市副市长兼公安局长的王立军，与时任重庆市委书记薄熙来反目，为保命王立军于2月6日逃入美国驻成都总领馆，申请政治庇护却遭到美方的拒绝。最后在美方的帮助与斡旋下，王立军跟随北京当局特别派遣的国安部副部长邱进回到北京，接受当局的调查。当年秋天，王立军因叛逃等罪被判刑15年。
希拉里曾在2014年出版《艰难抉择》一书中回忆说：“王立军不是人权或异议人士，但我不能把他交给领馆外的那些人们，若这样做，王立军无疑是一死。这样，薄熙来贪腐案之调查就被迫中断了。”书中并表示，当时的情形是既不能冒然让王立军走出美领馆，也不能让他在领馆里久待下去。
希拉里说：“我们和北京中国高层联系，对他们说，王立军愿意走出使馆，前提是中央高层必须倾听他的呼声和陈述。”
希拉里还曾在接受英国智库采访时表示，王立军就是一个“贪污腐败残暴无良的恶棍”，他“还是薄熙来的打手”，他不符合美国给予政治庇护的要求，哪一项都不符合。
据《华盛顿自由灯塔》发表的报道，引述批评人士的观点批评希拉里处理王立军案手法，只是想与中共领导保持良好的关系，而不是积极收集美国需要得到的情报。报道认为希拉里应为美国将王立军“拒之门外”的决定负责。
这篇报道同时还引述知情美国外交官透露说，当初王立军在悄悄进入美驻成都总领馆时，随身携带了许多文件，而且还带着装有十万美元现金（a hundred thousand dollars in cash）的行李箱。
据披露，王立军在美国领事馆内填写了申请庇护的表格，他声称自己知道许多北京高层的内情，还带来了很多的中共党政文件。但是，他没让美国官员读到这些文件，也没有将文件留下。王立军只是打算一旦自己落到重庆方面手中，他可以用要挟曝光这些文件来保护自己。
报道透露说，美领馆内一些当地雇员都是中共安全部门的线民，所以王立军进入美领馆不久，中方就知道了情况。结果重庆方面派出大批军警包围了总领馆，后来这批军警又被四川军警替代。
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