在前苏联时期，领导人的健康被列为国家机密，政府不断宣称他们的健康状况良好，隐瞒病情一直到他们去世。叶利钦的健康问题始终受到各国媒体的广泛关注，当他从总统职位退下来时，媒体惊讶地发现，他的病历竟然厚达好几册，而且多次遭遇十分严重的病情。叶利钦也亲口承认：“我在担任总统期间经历了五次心脏病发作，还有一次心脏手术。”
中国日报报道，早在20世纪80年代担任莫斯科市委书记时，叶利钦的身体就已经出现问题。每当晚上，叶利钦就头痛不止，只能靠酒精才能减缓疼痛感。在一次空中意外事故中脊柱受伤后，叶利钦的背部疼痛一直没有治愈。那时候，他得以在一家专供高级官员享用的康复中心养病，按摩和游泳使他的背部恢复了正常。
在1987年辞去莫斯科市委书记后，叶利钦一度消沉，身体状况也大不如前。但在1989至1990年间，当他与戈尔巴乔夫争夺最高权力时，这种消沉被一扫而光。
1991年对叶利钦是胜利的一年。然而，1992年和1993年的政治困境深深影响了叶利钦的身体健康，他得了心脏病、肝病、肺病甚至胃病。
在1994或1995年，叶利钦首次心脏病发作。1996年激烈的俄罗斯总统大选对叶利钦的身体来说是个严重负担，但他毅然决定冒险，并将自己的内在能量发挥到最大限度。在首轮选举中，叶利钦以微弱优势获胜，几天后，他心脏病再次发作，但他成功地把这个秘密一直保持到第二轮选举获胜。在那段时间，叶利钦的病情一度处于十分危险的境地，但他拒绝去德国或美国看病，
1996年11月，叶利钦在俄罗斯一家心脏病医疗中心接受了心脏搭桥手术。虽然手术十分成功，但在随后一段时期，他又被各种小病所困扰，尤其是在离任前一段时间，由于身体状况很差，他经常需要离开克里姆林宫前往莫斯科郊外的乡村别墅休假数天时间，有时还会呆上数个星期。
叶利钦在退休后一直致力于保养身体，还经常前往其他国家接受治疗。2005年9月7日，叶利钦在意大利撒丁岛一个旅游胜地度假时不慎摔断大腿骨而住院治疗，并接受了外科手术。
总体来看，心脏病一直是威胁叶利钦生命的主要疾病。2007年4月23日，叶利钦病逝。尽管目前俄罗斯官方尚未就叶利钦的死因公布说法，但俄罗斯媒体援引医院方面一位匿名人士的话说，叶利钦死于心脏衰竭。
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