日本政府公开宣布不会就朝鲜最高领导人金正日逝世表示哀悼。执政的民主党一些国会议员担心，韩国、美国在金正日逝世消息公布后的反应显示两国有意借机改善对朝关系，唯独日本“落伍”且态度强硬，可能给日朝关系造成负面影响。
朝鲜19日中午公布金正日逝世消息后，日本内阁官房长官藤村修在临时召开的新闻发布会上说，听闻朝鲜国防委员会委员长金正日突然逝世，“我们表示哀悼”。藤村随即招致民主党内一些保守派人士批评。他21日下午在例行新闻发布会上说，日本政府不打算就金正日逝世向朝鲜致哀。
有记者问及，朝鲜定于28日在平壤举行告别仪式，29日举行中央追悼大会，日本政府是否打算届时表示哀悼，藤村回答：“没有。”藤村澄清说，自己19日“表示哀悼”是以个人身份，“我只是在日本文化的一般常识范畴内表达哀悼之意”。
日本官员说，政府同样不打算通过驻外使团或相当于朝鲜政府在日代表的旅日朝鲜人总联合会、即朝总联向朝方致哀。
日本共同社22日报道，一些政治分析人士认为，首相野田佳彦顾及遭朝鲜绑架日本人及家属的心情以及国内舆论，决定明确表示不会哀悼。朝鲜2002年首次承认朝鲜特工上世纪70年代末期绑架日本人并表示遗憾，送回数名遭绑架日本人及其子女，交回一些已去世遭绑架者的遗骸和遗物。朝鲜认为绑架问题已经解决，日本认为还没有解决，这是日本继续对朝鲜制裁理由之一。
民主党内有人担心，美国、韩国在对朝政策方面一贯与日本联手，但对金正日逝世实际上均已表示哀悼之意，“只有日本落伍了”。
美国国务卿希拉里·克林顿19日晚就金正日逝世发表声明，没有使用“哀悼”一词，但日本舆论认为，声明向朝鲜民众表示慰问。韩国经过一番争论后于20日下午向朝鲜民众致哀并允许特定民间人士赴朝吊唁，次日准许个人和民间团体发唁电。另外，美国公布19日与朝鲜通过“纽约渠道”工作接触的消息，表示愿意继续与朝鲜对话；韩国政府说服宗教团体放弃在韩朝边界附近点亮圣诞灯塔的计划。
共同社分析，这些举动显示美韩希望借机打破对朝关系僵局，而日本态度强硬将导致朝方对日反感增加，甚至可能给解决绑架问题等日朝议题增加难度。
一些日本政府官员和民主党议员打算向野田建议，在朝鲜举行告别仪式或中央追悼大会时发表与金正日逝世相关的声明。“发表声明虽然不等于正式表示哀悼，但可以有助于打破日朝关系面临的僵局。”一名民主党资深议员告诉共同社记者。
朝鲜国家主席金日成1994年7月逝世时，时任日本首相村山富市在外访问，直接表示哀悼并向朝鲜发唁电。这一举动促成自由民主党、社会党等日本联合执政三党组团次年3月访问朝鲜，与劳动党就早日重开两国邦交正常化会谈等议题达成协议。日方代表团负责人包括2009年出任民主党党首和日本首相的鸠山由纪夫。
另外，朝总联21日在位于东京饭田桥附近的总部设置灵堂，接受日本各界和旅日朝鲜人吊唁。为防止日本右翼骚扰，东京警视厅在周围实施戒严，禁止闲人出入。朝总联要求日本政府允许朝鲜“万景峰92号”客货轮停泊新澙县港口接送旅日朝鲜人赴朝吊唁。日本2006年起单方面对朝制裁，内容包括禁止这艘轮船停靠日本港口。作为回应，一个跨党派保守议员团体要求野田政府坚持制裁措施。
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