为了反击日本政府的购买钓鱼岛行为，中国外交部发言人表示，中国政府将继续采取必要措施坚决维护对钓鱼岛及其附属岛屿的主权。台湾领导人马英九也称，钓鱼岛主权，“一寸都不能让步”。两岸华人在联合保钓上取得了空前的一致。而在表示将“不接受”来自中国大陆及台湾的抗议后，日本开始转刺中国的痛处，拿中国的敏感问题说事。
日本7月9日开始实施新的外国人居留证制度，在日外国人必须申请新的“在留卡”。在日台湾人当天拿到的在留卡的“国籍、地域”一栏，不是像此前一样记为“中国”，而是变成了“台湾”。
有分析认为即便日本法务省出入境管理局参事官室官员解释这是日本新推出的外国人管理制度，并不意味着日本要把台湾当做国家对待，而是当做地域对待。但是在中日就钓鱼岛问题吵翻天的当下，日本的此项措施很难撇清针对中国的嫌疑。
日本一向小心中国的台湾问题，自1972年中日邦交正常化后，日本政府不承认台湾的国家地位，赞同台湾是中国的一部分。因此，在日台湾人的“外国人登陆证”中的“国籍等”一栏中都填写的是中国。2001年7月，陈水扁执政时曾要求日本政府承认台湾的国家地位，此后的2003年，李登辉也提出过同样的要求，都被日本政府拒绝。而日本这次修改制度，明显是离间台湾跟大陆的关系，用政治的话来讲，这是分裂中国。
台湾问题被中国视为核心利益，《台湾问题与中国统一》《一个中国的原则与台湾问题》等台湾问题白皮书详细阐述了中国的立场。2003年通过《反分裂国家法》以来，中国开始施压或警告，促使美日及其他国家去拒斥台湾的努力，并认识到中国在这一问题上的利益所在。中国总理温家宝曾在回答日本记者有关中日关系的提问时强调中日关系是“最重要的双边关系”，但他同时警告日本不要“直接或间接地”干预台湾问题。
日本认为一个统一的、强大的中国对日本的“政治大国”梦想是一大威胁，因此，在国家战略上遏制中国的倾向日益明显。冷战后日本的对台策略基本上采取“双轨政策”，将日本的“安全”与台湾挂钩，口头支持“一个中国”而实际反对中国为制止“台独”、促进统一而采取的行动，鼓吹吸纳台湾组成区域性安全防卫集团。 但是目前两岸在保钓问题上呈现出一致态度让日本的美梦受到严重挑战。
刚刚当选台湾地区领导人的马英九是在钓鱼岛问题上的强硬派，日本此项“恢复台湾人”资格的举措，是借对台湾绿营的示好施压马英九。同时针对中国大陆逾来强硬的维护领土主权立场，日本是在通过对大陆当局红线的触碰提醒中国日本对台湾的影响力。
日本《产经新闻》称，日本新在留卡上台湾人可以填写国籍为台湾，可以预想会引起中国政府的反对，这将考验日本执政党和在野党的应对能力。
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