穆尔西尽失民心，亦得不到军方支持，注定总统梦碎。在众叛亲离下，军方曾以安全离国、豁免起诉等条件诱使他自动落台，穆尔西都坚决说不，以一句「踏过我的尸体吧」回应，结果遭军方软禁。
穆尔西所属穆斯林兄弟会有成员说，早在反对派周日（6月30日）爆发大示威前一周，败象已露端倪，「我们在6月23日就知道完蛋了」，当时军方要求穆尔西和反对派在七天里化解分歧，很明显是不可能的任务。
风雨欲来，总统和军方越行越远。先是部队军车悄悄部署到全国主要城市，情报官员不上报，穆尔西完全蒙在鼓里。穆斯林兄弟会的办公室被示威者袭击洩愤，警方也拒绝提供保护。
穆尔西作最后挣扎，跟国防部长塞西、总理甘迪勒开紧急会议，但会上穆尔西只顾强调自己是民选总统，对民众关心的物价飞涨、失业高企、电力短缺等问题置之不理。他又想在军中拉拢盟友跟他站在同一阵线，亦告失败，没有军人支持他。
兄弟会发言人阿里说︰「我们太天真……没想过被背叛得这么彻底。」塞西已决定了穆尔西的命运，摊牌说一是坐牢，一是他自己宣布辞职，「他两样都不肯，不想再把国家交到军人手中」。
6月30日全国示威后穆尔西大势已去，他跟家人翌日避入专责保护总统的共和国衞队总部内，助手致电西方政府求救徒劳无功，然后军方随即发出48小时最后通牒。
国营《金字塔报》报道，军方曾以安全送穆尔西到土耳其、利比亚，或是豁免起诉换取他辞职，他都一一拒绝。周二晚他发表「坚持到底」的演说后随即遭军方管制，周三下午总统的最后一道保护线──共和国衞队成员亦离弃穆尔西，任由他被军方带到秘密地点软禁。
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