《纽约时报》引述调查消息人士称，失踪马航至少两度改变航线，似乎是有人刻意操控飞机偏离原有航道。另外，飞机航行高度一度超出波音777-200型飞机的上限，足以令全机人因机舱失压昏迷。
报道称，虽然马航起飞后约40分钟中止传输位置，但大马军方仍从东西岸两个雷达录得其位置。报道引述了解资料的人士初步评估，信号显示马航从民航雷达上消失后突然折西，朝西南飞行，一度爬升至4.5万呎，即超过这种客机认可的4.31万呎飞行高度上限。
最后信号：槟城西北约320公里
根据大马政府没有公开、但声称提供给中美两国的雷达航显示，马航之后反覆下降，到槟城上空时降至2.3万呎，是一般巡航高度（3万至4万呎）之下。之后开始爬升，转飞西北，越过马六甲海峡。军方雷达录得的最后信号是，飞机在距离槟城西北约320公里的2.95万呎高空，接近泰国布吉以南，飞向安达曼群岛。
了解调查的美国高官称，调查人员研究马航劳斯莱斯引擎传送出来的数据，显示航机在一分钟之内曾急降4万呎，但由于这种客机需较长时间才能有那样的下降幅度，调查人员认为不合情理，质疑读数准确度。
分析：迹象显示受蓄意操控
尽管如此，飞行高度的转变与最少两度显著的航道修正，可理解为飞机因机师失去活动能力，例如机舱失压或其他机械事故，遂在无人驾驶之下忽高忽低地飞；或者有机师或劫机者刻意如此飞行。分析家称，目前所有象显示飞机是受到蓄意操控，没有机械毛病。
美国航空业高层人员相信，控驭马航的是有飞行经验人士。有驾驶波音777-200的亚洲机师称，这型号飞机一旦飞行高度超过4.31万呎，机舱就会减压，令到机员和乘客昏迷，这可能是机师或劫机者蓄意造成。英国航空工程学者蒂尔克奥卢（Cengiz Turkoglu）称，客机大幅改变飞行高度是驾驶者蓄意造成。亦有专家说，飞行高度反覆改变，可能是机师不能动弹、飞机自动导航系统无法运作下，燃料消耗而影响重量分布所致，但航道改变却难以解释。
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