香港媒体爆料，台湾官方解禁日本核灾区食品立场坚定，背后疑似涉及台日之间的利益交换。蔡英文政府疑以此换取与日本进行自贸协定（FTA）谈判。由于台湾对日本的依赖将越来越强，并希望以此抗衡大陆，但蔡政府牺牲民众食品安全引起社会强烈反弹，恐不利未来绿营选战。
香港亚洲週刊报导，知情人士透露："台日海洋事务合作对话"首次会议10月31日在东京登场，原本担任顾问并列席指导的亚东关系协会会长邱义仁，在出发前一刻改任团长，且会议结束后，他没有立刻返台，而是在日本多停留一天，与国安会秘书长吴钊燮会合，前后两位国安会秘书长在东京碰头，显然是有重要事情发生。
周刊报导，据闻他们一起去会见日本内阁官员，承诺蔡英文政府将于11月17日宣布解禁核灾区食品，并有两个月缓冲期，明年1月解禁。日方则回应，若一切顺利，将于11月28日在台北揭幕的"台日经贸会议"，开始启动台日版的FTA，即"台日经济伙伴协定"（EPA）的谈判。
周刊认为，这就是台日之间的利益交换，用解禁核灾区食品换取蔡英文政府期待的台日EPA。媒体对这项交易早就风风雨雨，甚至蔡英文政府才上台一星期左右，日媒即预告，台湾即将解除对日核灾区食品进口的禁令，蔡英文政府却始终支吾其词。
报导引述了解内情的人士指出，"现在最大问题是，蔡政府已经给日本承诺要开放"，"但因为国内问题无法解决，所以要拖延作业，日本政府对此也不是很满意，过去双方的癥结点是在这个地方"。
熟悉日本政情的人士指出，当时马英九为南海仲裁案登太平岛，日方认为马随着大陆起舞，不愿再和台湾合作，对于马期待签署EPA，日方一直以忙跨太平洋战略经济伙伴协定（TPP）为由搪塞，原定在马英九卸任总统前，解禁日本核灾区食品案也就不了了之。
因此，当亲日的民进党胜选之后，让日本政府对解禁核灾区食品又重新燃起希望，今年5月5日由日本首相安倍晋三的胞弟岸信夫率团，到台北祝贺蔡英文就职。"主要就是磋商核灾区食品解禁事宜。"前述人士指出。
知情人士透露，本来7月28日台日要召开"台日海洋事务合作对话会议"，台湾即可解禁核灾区食品，但7月12日南海仲裁案出炉，海牙国际法庭常设仲裁法院将台湾驻守的太平岛矮化为礁，蔡英文认为时机不宜，因为媒体势必会再炒作沖之鸟问题，反而无法搁置争议，遂主动提出顺延到10月底召开。
知情人士指出，"台湾和日本之间要有一些利益交换"，"双方的共识是先把马政府时期的沖之鸟争议搁置，不争论沖之鸟是礁或岛，回到2002年时期的『默契』"。当年邱义仁与之前任日本交流协会驻台北总务部长（秘书长）的垂秀夫，确立近似"躲猫猫"的默契，台湾渔船可进入沖之鸟经济海域捕鱼，日公务船出巡时，会先知会台方，台方再通知渔船暂避风头，待公务船离开，渔船再继续作业。
政治大学国际关系研究中心亚太研究所研究员蔡增家指出，短期内两岸关系不会好，所以民进党只会拉住日本，"对日本的依赖会越来越大，但台湾没有筹码，它说核灾区食品要开放，台湾就不得不开放，这是民进党面临的难题"。反过来说，日本也想抓住台湾，当成是对抗大陆的筹码。
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