台湾“总统”当选人马英九今日表示，就职后将不会对陈水扁所涉“国务机要费”案特赦，让司法程序走完。对此，台湾“最高检察署”特侦组已准备就“国务机要费”案分案侦办，本案发展有可能两种情形，一是陈水扁可能在520卸任当天即被依贪污罪起诉，或再经特侦组检察官调查后起诉。
特侦组上午对重大敏感议题的回应低调到不行。发言人陈云南表示，“还没有发生的事，没办法说明！”但根据法院组织法规定，卸任“元首”涉案的调查权属于特侦组，特侦组虽然目前还未分案，但高层已有属意的办案人选，由于检方目前仍认为陈水扁与吴淑珍是共犯，因此，可能分案后直接起诉或传讯后再起诉。
06年11月3日，前台湾“高检署”查黑中心检察官陈瑞仁借调台北地检署，将“06年度侦字第23708号”“国务机要费”案依贪污、伪造文书罪起诉，被起诉者包括有吴淑珍、前“总统府秘书”马永成、前“总统府办公室主任”林德训、出纳专员陈镇慧。
当时，检察官陈瑞仁认定陈水扁是共犯，于起诉书中叙述犯罪事实提及“陈水扁先生”时，在其后以括号注记“俟其经罢免或解职后再行诉究”，根据陈瑞仁的说法，陈水扁两度在府内接受讯问，他都告知陈水扁是“被告”，且告知陈水扁应有的法律权利，陈水扁皆称愿意接受调查。
陈瑞仁对陈水扁侦查而未起诉的动作，后来被法界形容他视陈水扁为“潜在性被告”，法界讨论莫衷一是，原因在于“宪法”赋予现任“元首”刑事豁免权。
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