陈水扁20日正式卸职下台，但这「结束」却是另一方面的「开始」。由于陈水扁卸任，已不具有刑事豁免权，他所涉及的「国务机要费」案，最高检察署特侦组今天分案侦办，并在陈水扁卸任后一个小时直接将他列为贪渎案被告。检方并发函「总统府」，请求马英九将本案相关卷证解密，检方近期内将传唤陈水扁进行调查。
最高检检察总长陈聪明日前指定特侦组主任陈云南侦办「国务机要费」案，其余七名检察官协办。特侦组在陈水扁交卸职务后一个小时，即正式分案，将陈水扁列为「特侦案」被告，案由则是贪渎。
特侦组今天并未将陈水扁限制出境，因检方认为当前没有发现他有逃亡或出境的迹象。但检方为防万一，罕见地采取「出境通知」的方式，今天发函给「外交部」、移民署、海巡署，要求这些机关在陈水扁申请出境时，必须即时通知特侦组，再由特侦组决定是否限制出境，或予以传唤、拘提到案。
特侦组函请马英九「解密」
陈水扁过去行使机密特权，将本案相关笔录、发票等卷证，都列为「国家机密」，且为绝对机密，并要求台北地院返还相关卷证，「国务机要费」案的审理因此陷于停摆。而「国家机密」只有马英九才能解密，若马英九核定将本案卷证解密，将有利于特侦组侦办陈水扁涉案内情。
对于陈水扁被列被告，「总统府」发言人王郁琦20日下午回应，马英九已经知道这事情，不过今天忙于交接，没有回应。
2006年，已裁撤的台湾高检署查缉黑金行动中心曾侦办「国务机要费案」，以贪渎等罪嫌起诉扁嫂吴淑珍、前「总统府」副秘书长马永成、前「总统府」办公室主任林德训、会计陈镇慧等四人。但陈水扁当时具有「总统」身份，拥有刑事豁免权，依法不受刑事诉究，因此，原承办检察官陈瑞仁并未起诉他。
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