6月15日晚上从台北县深澳港出海的保钓联盟，途中虽多次遇到日本舰艇阻挠，对保钓船喷强力水柱，还企图冲撞保钓船，还好台方的海巡舰艇全程保护着保钓船，30年来台日武装舰首次在海上对峙，不过保钓船仍绕了钓鱼台一圈，象徵宣誓主权。
保钓船在大海中破浪前进，眼看要接近钓鱼台，没想到这时日本舰艇急速靠近，台方戒护的海巡舰艇，立刻加速冲入两条船中间缝隙，才暂时化解危机。其实这次的保钓过程，冲突一触即发，从出海第4个小时，大约16日凌晨2点半，距离钓鱼台40海里，明明还在台方海域，就有日本舰艇出现尾随。
等到了16日3点，在黑暗中隐约已经可以看到2艘日本舰艇就在保钓船旁，这时海巡舰艇也开始戒备；到了16日凌晨4:55分，保钓船来到钓鱼台12海?处，这时日方总共8条的船舰已经把保钓船包围，同时直升机出现，并开始用绿色的跑马灯和广播驱离保钓船。
从未靠近过40海?的我方海巡舰艇也拿出勇气，用广播大喊这里是我国领土，双方对峙气氛凝重，这时日本舰艇竟想冲撞保钓船。还好海巡戒护没让日方得逞，这也是30年来台日双方首次在海上展开对峙，接着到了16日5点25分，保钓船前进到6海?处，这时日方改拿起强力水柱，竟想把保钓船上人员冲入水中。
水柱产生的波浪，加上天候海象不佳，保钓船在惊涛骇浪中，继续奋勇前进，到了16日5点45分，钓鱼台近在咫尺，只剩下0.4海?，保钓人员打算登陆插国旗，日方又采取放下阻拦绳的塑胶桶阻挠前进。由於海巡9艘舰艇，这时被隔离在2海?的外海，保钓船在8艘的日本舰艇包围下，陷入孤立，只好转弯绕行。日方看到保钓船改变方向，攻击态度才降低，让保钓船顺利绕行钓鱼台一圈。
绕完钓鱼台宣示主权，我方目的达成，才展开返航。而日方舰艇更一路尾随3个小时，直到16日10点多，离开争议海域后才离开。一场保钓之旅历经16个小时，就在下午16日下午2点多，保钓船返航后，在惊涛骇浪中画下句点。
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