总统候选人第二场电视辩论17日登场，民进党总统候选人蔡英文16日下午又临时举行记者会，亲上火线说明宇昌案，强调「一生清白、内心坦荡」，呼吁马总统务必悬崖勒马，「不要为了一次选举，毁掉台湾民主，也不要为了自己选举获利，毁掉台湾产业发展生机」。
蔡英文感冒未癒，以沙哑嗓音念完声明随即离开，未接受记者提问。无独有偶，两周前，第一次总统候选人电视辩论前夕，她也临时举行记者会，突然抛出若胜选，将成立「两岸对话工作小组」，却在隔天辩论会上完全没再提及该议题。
蔡英文16日批评，除了独裁国家，没看过哪个民主国家执政者为了保卫政权、胜选，不择手段使用负面选举，对其他候选人进行人格谋杀，「这比贿选买票更可怕，是台湾民主的倒退，更是政党的自甘堕落！」
她质疑，马政府这几天甚至「迅速启动」检调侦查，过去三年所有公文签呈都完整存放在政府档案中，为何到了选举最后阶段，才移送特侦组，「这不是选举操作吗？」但她强调不会有任何不安，也不会动怒。她一生清白、内心坦荡，没有任何外在风雨可以让她惧怕，她强调「蔡英文挺得住」。
她表示，宇昌案虽然複杂，但政府没有图利、个人没有违法，其实很单纯，「国民党不是搞不懂，而是故意移花接木，让人民搞不清楚」。
蔡英文说，她在行政院副院长任内，从未参与宇昌筹设，国民党故意变造文书，製造「蔡英文核给蔡英文」假象；卸任数月后，推动宇昌的科学家邀她担任负责人。她慎重地向行政院确认没有违反「旋转门」等法规，才答应接任，且不支薪。
她指出，宇昌从来不是所谓「弊案」，而是台湾生技产业发展重要里程碑；「马总统心中只有选举，没有国家大局，这样的国家领导人只会被人民唾弃。」
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