萧功秦表示，重庆模式是中间偏左，政府参与力度大一些，社会力量小一些，广东模式是中间偏右，社会组织发展多一些，公民社会力量大一些，这种不同的尝试本身就具有其多元意义，中国这么大的国家，要走出困境，绝对不能单靠领导人在办公室里制定方略与设计，而是应容许地方与民间有更多尝试的空间。日本明治维新之所以比中国清末改革成功，就是其试错机制比中国发达256倍，因为日本由256个小的自主共同体构成，但清代是中央集权的大一统帝国，试错选择只决定在晚清七十年中的5个人的手上：先是道光皇帝、再是咸丰皇帝、慈禧太后、光绪皇帝、最后是摄政王，可以说，近代中国是一元试错，日本是多元试错，从这个角度来说，应该肯定重庆模式的探索。决不能因为薄熙来事件，而给地方当政者造成一种错觉，似乎地方尝试就是与中央分庭抗礼，搞独立王国，似乎回到大一统去才是最安全的，其实，最高当政者应该也是支持地方作有益的尝试的。
萧功秦认为，重庆模式本身是独立的，它和“阴谋家”没有必然的关系，这就如同这个“阴谋家”出现在广东，也不能就此彻底否定广东模式一样。我们中国人习惯于把政治事功与道德混为一谈。这个问题在西方早就解决了。
“薄熙来是一个很复杂的人物，有点像历史上的曹孟德，在危机时代特别容易脱颖而出，这样的人胆子很大，我行我素，特立独行，不遵守体制内游戏规则，有时目空一切，做事不择手段，但也确有想像力，往往能别开生面。”萧功秦认为，在社会尚未出现危机的常规时期，这种人往往容易被官僚体制边缘化、受到体制普遍的排斥。相反的，此类人往往在社会或官僚体制出现危机时，特别能得势，一旦得势，就会为所欲为，任何人拿他莫奈何，曹操和薄熙来就存在某些相似处。
薄熙来下台前，在重庆老百姓中有相当的支持度，萧功秦指出，薄熙来出事，重庆人感情上觉得薄熙来仍是不错的，一方面，薄熙来用特立独行的方式把重庆搞大，另一方面，薄熙来与刑事犯罪事件又有不可否认的关联，所以，重庆普罗大众也陷入两难。
“说实在话，薄熙来未必真要搞文革那一套，说他掌了权就会有计划地搞文革复辟，那是言过其实，人们之所以有这种印像，实际上，也是薄熙来所信赖的极左派如张宏良、孔庆东之流‘害’了他。”
但问题的关键是，薄熙来已经习惯了用“左”的手段借力发力，习惯用左的方式来提升人气，获得权力，从大搞广场式的形式主义的唱红就可以看出来。正因为如此，在未来权力道路上，当薄熙来遇到许多阻力时，为了打破阻力，是否会习惯成自然地用过去行之有效的左的手段，来达到目标？既然以左派姿态上台，也自然会去满足左派对他的角色期待，且心态上也已经被左的那一套办法扭曲了。因此，很多人担心一旦薄熙来做了政治局常委，是否如同失控的导弹一样，越来越左，来一个打遍天下无对手，所向无敌。中国刚从文革灾难中走出来，再也不希望出现另一次文革灾难。人们对薄熙来未来走向的普遍的不放心，这也是有道理的，这正是问题的关键。
人们说，薄熙来退出了政治舞台，中国也消除了一个隐患。萧功秦认为这话也有道理，虽然薄熙来未必就是搞真左，而是以形式上的左作为动员手段，来获得权力，但这就会如同打吗啡上了瘾一样，形成对左的路径依赖。这是我们从历史上屡见不鲜的。毛泽东晚年也是如此，这是理解薄熙来事件揭示的历史意义所在。
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