大陆国务院总理李克强未列名此次三中全会文件起草小组，遭外界质疑大权旁落，学者分析认为，此举显示习近平意图进行党政企分开的体制改革；但有观察家指出，三中文件属党务，李未参与属正常，况党政分离的关键是党是否仍大权在握。
香港明报昨报导，此次全面深化改革是以经济体制改革为重点，而自朱镕基一九九八年出任国务院总理后，经济事务及经济改革向来由总理主掌，李克强未能参与三中全会的纲领性文件起草工作，大权是否旁落令人好奇。
英国ＢＢＣ中文网引述北京资深记者高瑜认为，由于三中全会「决定」的重点在于经济体制改革，「按理总理是领导小组的组长，下面再来一个写作班子什么的，但现在不仅没有总理，还来了一个管宣传的刘云山当副组长，那就很奇怪了。」
香港时事评论员刘锐绍则指出，当年中共十三大相关文件由杨尚昆起草，但事后他功成身退，李克强未参加文件起草小组，不代表无机会担任中央全面深化改革小组的副组长；但他也强调，「必须密切关注李克强的未来动向」。
李克强未参与起草作业，也引发党政分开的议论，但中共前总书记赵紫阳的政治秘书鲍彤接受港媒采访认为，如果内核还是党领导一切，那就不是改革；不过，香港的大陆问题专家梁国樑接受中央社采访指出，习近平正努力往重新推动党政企分开的方向迈进。
在党政企军的关系上，星岛日报昨引述大陆军事专家宋忠平指出，军队体制改革的核心就是精兵简政，优化兵种结构，「军区是否配置不合理？现在的军区结构是否需要优化改革，建立联合作战司令部，这就是军区结构调整可能会走的一条路」。
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