对南海安全局势的担忧常常重点关注通过这一水域的船只，而潜艇-海军这支“沉默的舰队”很少披露它的行动，但是它体现了广泛部署在太平洋地区、特别是南中国海的各国潜艇的数量不但日益增加，且型号繁多。
据美国《华盛顿邮报》网站4月13日发表的丹·拉莫思的题为《南海紧张局势引发担忧，水下的潜艇战同样受到关注》的报道称，中国控制整个或部分南中国海地区的强烈愿望在一定程度上是为了想给自己的潜艇构建庇护所，该地区包括一些水深超过2,400米的水域，以及潜艇可以藏身的海沟。
美国太平洋舰队司令斯科特·斯威夫特（Scott Swift）在接受专访时说，对他而言，潜艇是“极有价值的资产”。他说，作为“反介入/区域拒止”理念的一部分，该地区部署的防空导弹和其他武器旨在阻止敌军的行动，但是潜艇常常不像水面舰艇和战机那样受到它们的影响，因为潜艇在水下活动。
斯威夫特说：“一旦发生冲突，在那些水面舰艇或空中力量会激烈争夺的地区，潜艇将增加我们不受限制地进入那些地区的可能性。”报道称，美国、中国、印度、越南、印度尼西亚、马来西亚和澳大利亚等国都谋求在未来几年升级潜艇行动。斯威夫特说，这是该战区“不安情绪的折射”，涉及的不仅仅是中国，还有其他国家。
斯威夫特还表示，“这当然是南中国海诸多方关注的中心，但是我们以更广的视角看待这个问题，当然包括东中国海和其他地方。”
报道称，美国防部长阿什顿·卡特(Ashton Carter)上周在纽约的外交学会谈及他即将开启的亚洲之行时说：“仅明年我们就将投入80多亿美元，以确保我们拥有全球最致命、最先进的水下和反潜力量，其中包括各种尺寸和载荷的水下无人载具，这些无人装置重要的一点是可以在浅水中活动，而这是人工驾驶潜艇做不到的。”
报道称，2015年，中国首次出动它的094型（晋级）弹道导弹核潜艇巡航，从而第一次增加了一艘可以携带海基核导弹的舰艇。据五角大楼2015年公布的有关中国军事行动的年度报告称，中国还在2014年首次向印度洋部署攻击型潜艇，表面看是为了支持打击海盗的行动，但是实际上是为了熟悉这一地区，并展示军力。
美国防情报局局长文森特·斯图尔特3月在向参议院军事委员会作证时预测，中国人民解放军可能会继续在南中国海投入更多军事设备，这些设备可能会再度加强中国在这一地区的“反介入/区域拒止”的能力。
报道称，斯图尔特说，中国反对美国海军在南中国海维护航行自由行动的言辞表明，“北京认识到捍卫这些前哨阵地的必要性，并准备对发生在它们周边的任何军事行动作出回应”。
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