台湾海巡署及农委会船只1日出发前往冲之鸟礁附近公海执行巡护任务，日本不具名的涉台官员说，“与台湾政府多次交涉，台湾仍单方面采取升高紧张的行为，日方感到极为遗憾”。
日本媒体分析，台湾态度转硬，应与政权即将转移有关。
对于台湾官方的主张及护渔动作，日本放送协会(NHK)报导，日本政府主张冲之鸟在联合国海洋法公约上，做为“岛屿”的地位是确立的，反驳台湾方面认为冲之鸟不是岛而是礁的说法。日本方面并呼吁台湾方面冷静因应，但台湾方面主张日方扣捕台湾渔船是违法行为，对日本的反弹力道升高。
NHK说，台湾之前对于冲之鸟的地位所持的看法是“有争议，国际法上还没完全确定”，不讨论冲之鸟是岛或是礁，但这次日本扣捕台湾渔船与人的行动之后，台湾态度转变，认为冲之鸟是礁的立场趋于鲜明。
报导说，部分看法指出，本月20日将卸任的国民党籍总统马英九对日本的严厉态度变得鲜明，对重视对日关系的民进党籍总统当选人蔡英文形成压力。
日本“共同社”也报导，日本方面认为，以前台湾渔船也曾在同一海域遭到扣捕，当时马政府并没采取像这次的严厉抗议。在本月20日民进党将上台执政之前，马政府展现的强硬态度趋于明显。
日方对未来几天冲之鸟礁附近会发生什么事，似乎做了最坏打算。
日本首相及外务大臣皆利用日本“黄金周”连续假期到欧洲、东南亚访问。对冲之鸟礁事件，日本公开回应只在4月28日的日媒联访，外务大臣发言反击一次；政府发言人、官房长官在一天两次的记者会未曾主动说明，也没有日媒提问，外媒每周唯一可出席的例行记者会日子适逢国定假日未举行。
屏东琉球籍渔船“东圣吉16号”被扣押、船长被拘留，台方提抗议，指冲之鸟非“岛”。日本媒体持续关切此事，共同社报导，台湾两艘巡护船将于数天内抵达冲之鸟海域，日方认为有可能发生冲撞，正加强警戒。朝日新闻、产经新闻都派记者到高雄，现场采访台方护渔船舰出发的状况。
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