相较于国民党主政时期内阁成员无一民进党人，民进党新内阁的37名阁员中，无党籍人士23人，佔了大多数，内阁中还有3名国民党人。也算初步实践了行政院长林全当初承诺的要跨党派、用人唯才的格局。国民党则称将考虑撤销入阁党员党权。
37阁员 23人无党籍
在林全内阁名单中，外交部长李大维、国防部长冯世宽，以及退辅会主委李翔宙3人是国民党员，此外，还有多名阁员也曾经是国民党员。包括陆委会主委张小月，在国民党当年办理党员重新登记时未重新登记，而海巡署长李仲威、劳动部长郭芳煜、财政部长许虞哲、金管会主委丁克华更是「失联」（长期不缴党费）国民党员。
8年前国民党重新执政，刘兆玄内阁中有26人是国民党籍，比例达63.4%，还有14名无党籍，内阁中并无民进党人。当时破天荒的延揽台联党籍的赖幸媛入阁担任陆委会主委，但由于台联无法接受赖幸媛入阁，她在入阁后5个月主动退党，此后一直为无党籍。对于有国民党员出任林全内阁成员，国民党中常委称「应严正党纪」，国民党文传会主委周志伟月初曾表示，将由考纪会主动与入阁党员联繫，建议以「自办停权」方式，暂停党权后再入阁。若入阁党员不愿配合，将考虑撤销或停止其党权。
国民党表示，对于党员加入非执政政府团队服务，坚持要採「党进党出」（即党与党协商）原则，否则就希望循「唐飞模式」处理。2000年民进党籍陈水扁当选总统后，曾邀请时任国民党政府国防部长的唐飞组阁，唐飞在徵得国民党同意后申请停止党权，再以个人名义出任扁政府首任阁揆。
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