就在奥巴马联大会见普京之后数小时，俄军即将对叙利亚境内“伊斯兰国”（ISIS）展开无人机空袭之际，为奥巴马三届防长帕内塔（Leon Panetta）、哈格尔（Chuck Hagel）和卡特（Ashton Carter）提供对俄政策建议的助理防长法卡斯（Evelyn Farkas）宣布辞职。奥巴马安插到国务院负责打击ISIS的上将艾伦（John Allen）也在数日之前宣布辞职。奥巴马这位三军总司令在南海、叙利亚、乌克兰、俄罗斯的策略上都跟军方将领不合拍，叙利亚局势发展也证明了奥巴马政策的失败。
法卡斯是美国国防部负责俄罗斯、乌克兰和欧亚事务的第一助理防长，她以此身份参与向乌克兰提供2.4亿美元的军事援助、在与莫斯科存在意见分歧背景下切断与俄罗斯军方的联系、以及最近几周五角大楼、美国务院和白宫就如何应对叙利亚境内的俄罗斯军事存在展开的讨论。此外，其工作成果还包括加强与格鲁吉亚的军事合作以及支持黑山加入北约。
法卡斯在国防部负责俄罗斯、乌克兰和欧亚事务，在与国务院和北约（NATO）盟国协同打击“伊斯兰国”方面起重要作用。另外，国务院负责打击ISIS的白宫“特使”艾伦上将在9月早些时候也已提出离职。艾伦属于美国知名的军事关系，去年下半年被白宫派往国务院担任抗击“伊斯兰国”全球联盟的总统特使（Special Presidential Envoy for the Global Coalition to Counter ISIL）。
法卡斯辞职正值奥巴马28日借出席联合国会议之机同普京举行会晤。这是两人两年多来首次长时间面谈。普京与奥巴马上一次会面是去年11月亚太经合组织领导人非正式会议期间，两人简短交流。美联社说，两名领导人都板着脸，显示出他们就如何化解持续4年的叙利亚危机分歧严重、进展甚微。
法卡斯拒绝对自己的离职发表评论。美国政治新闻网指出，她的离职发生在奥巴马安全团队对于“美向乌克兰政府提供先进武器”和“对俄罗斯在叙行为反应”存在“严重分歧”之时。法卡斯也属对俄“强硬派”。
以国防部长卡特为代表的一派公开支持向乌克兰提供杀伤性武器，包括奥巴马在内的鸽派希望给乌克兰提供非杀伤性装备，同时也担心武装乌克兰对抗俄罗斯将加剧紧张局势。
截至目前，奥巴马对俄罗斯的回应一直很克制，只向乌克兰提供提供车辆、反迫击炮雷达等装备，而不是乌克兰真正想要的反坦克导弹等进攻性武器。俄罗斯已经成为白宫和五角大楼争论的一个焦点。
美国军方与奥巴马在南海问题上分歧同样严重。卡特5月在新加坡举行的安全会议上告诉北京当局：“不要弄错了，在全世界任何地方，只要国际法许可，美国的飞机、船舰会飞航、航行、行动。多年来一直如此，今后也会这样。”
美国参议院军事委员会成员，来自阿拉斯加州的联邦参议员沙利文（Dan Sullivan）10月1日在华盛顿的一个研讨会上表示，美国应该在南海中国新造岛礁12海里的海域内航行。他还说，美国军方很多人有兴趣这么做。
他说：“军方很有兴趣按照国防部长卡特所表达的意思在南中国海行动，包括在别人的岛屿12海里的限制线内航行，但是，也是很明显，白宫不愿意这么做。 这在我看来是个战略错误。我们还没有这么做， 自2012年以来，一直没有这么做。”
前任国防部长哈格尔在督促奥巴马对俄罗斯入侵克里米亚做出强硬回应后，被奥巴马要求辞职。哈格尔还质疑奥巴马武装叙利亚反对派抵抗“伊斯兰国”的策略。该策略现在看来已经让奥巴马政府难堪。
奥巴马去年推进的武装反对派策略已经证明失败。正好一年前记得他的策略遭共和党议员麦凯恩（John McCain）等强烈质疑，美国三军参谋长联席会议主席登普西 （ Martin Dempse） 在麦凯恩面前强烈的维护奥巴马，但事后讲话又似乎违背了奥巴马不派地面部队的说法，凸显国防部及军方对白宫策略不支持的幕后声音，2个月后哈格尔就被奥巴马要求辞职。但他离开后不久，今年初就开始出现反对派接受美国培训与武器后加入ISIS的问题，证明了奥巴马叙利亚策略的失败。奥巴马这位三军总司令在南海、叙利亚、乌克兰、俄罗斯的策略上都跟军方将领不合拍，凸显的后果将不仅仅在叙利亚上空。
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