奥巴马为环境保护作了很多事，很少有哪位美国总统在任期内设定了那么多的自然保护区。在任期之末，他还试图保护更多的自然生态不受其继任的破坏。
即将卸任的奥巴马又宣布设立两处新的自然保护区，分别是尤他州的"熊耳"沙漠（Bears Ears）和内华达州的"金色孤丘"（Gold Butte）。两处自然保护区面积总和为4000平方公里。金色孤丘以其古老的岩画艺术而著称。在"熊耳"，美国政府将首次与印第安原住居民共同管理这片国家保护区，这一区域内有著有3500年历史的普布罗印第安人（Pueblo）村落遗址。奥巴马在一份声明中说："这一倡议将有助于保护文化遗产，并保障未来的世代能够享受这片如画的自然风光和历史人文景观。"
尤他州和内华达州的共和党领导人以及一些当地居民对这一举措表示担忧。他们担心联邦州政府的管控将进一步扩大、这些区域内可再生能源的利用将受到限制。内华达州长桑多瓦尔（Brian Sandoval）对奥巴马的决定表示质疑，他说，他原本希望在决策过程中也能听取当地代表--包括农场主、环保人士和社区成员的意见。
奥巴马在8年任期中设立的自然保护区面积超过任何一位前任。在特朗普即将就任之际，他还在短时间内推动出台了多项保护受到威胁的自然区域的措施。不久前联邦政府下令禁止在黄石国家公园采矿，并禁止在南极海域钻探石油。自然保护人士和原住民部落担心，特朗普在就任总统后，将会推翻奥巴马政府此前颁布的保护措施。
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